1673年三月，以尚可喜请求归老辽东，但请求留其子之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。
十一月，吴三桂在云南发动叛乱，并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，煽诱鼓动。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷叛清。接着，福建耿jīng忠亦叛。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省陷落，一时局面相当严重。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信等也相继反叛，变乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
叛乱消息传到北京后，年轻的康熙帝力排众议，对“三藩”之乱采取了坚决打击的措施。在康熙运筹帷幄的指挥下，1676年(康熙十五年)十月，福建耿jīng忠在清军進攻下，被迫投降。广东的尚之信也于1677年投降。闽、粤以及江西都先后平复。1678年八月，吴三桂死，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。1681年，清军攻破昆明，吴世璠自杀。云贵悉平。
此次平叛的胜利，消除了地方割据势力，维护了国家的统一。
收复台湾： 在三藩刚刚平定不久，割据台湾的郑氏家族发生内乱。起因是1662年郑成功病逝后，其子郑经立。1681年，郑经死后，其部将冯锡范等杀死了郑氏的继承人，改立郑经次子克塽继承延平王位。郑克塽年幼，成为冯锡范的傀儡。
康熙在此情况下，决心为了国家统一收复台湾。1681年七月，康熙下诏“以施琅为福建水师提督，与将军总督等统舟师進取澎湖、台湾”。
1683年，施琅率领战舰三百，jīng锐水师二万，進攻澎湖。经过七天激战，清军占领了澎湖。不久，郑克塽派人前来乞降，清军進驻台湾。
1684年，清政府在台湾设一府(台湾府)三县(台湾、凤山、诸罗)，隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。在清朝中央政府的统一管理下，台湾与大陆的关系更加密切。
平定准噶尔叛乱：清初，西北方居住的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部。漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附清朝，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
厄鲁特蒙古的准噶尔部，从17世纪中叶以后逐渐qiáng盛起来。特别到噶尔丹为汗时期，势力更加qiáng大。他不仅统治了厄鲁特四部，而且占领了天山南路各回城，势力达到青海、西藏地区。为了实现割据一方的野心，噶尔丹与正在对外扩张的沙俄勾结起来，于1688年chūn，对喀尔喀蒙古发动了突然進攻。在清政府的帮助下，噶尔丹暂时退兵。
1690年，噶尔丹在沙俄的支持下，率二万多骑兵，向内蒙古大举進攻。
康熙帝为了维护国家的统一和巩固边疆，曾先后于1690年，1696年和1697年三次亲征，打败了叛军。最后，噶尔丹走投无路，染病死去。
噶尔丹叛乱被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。清政府设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌苏雅台等重镇，加qiáng了对喀尔喀蒙古地区的管理和统治。
此后，清政府又先后平息了噶尔丹的侄子阿拉布坦的叛乱，青海和硕特部罗卜藏丹津的叛乱和准部贵族阿睦尔撒纳在伊犁发动的叛乱。并改西宁卫为西宁府，设立青海办事大臣，分蒙古族为二十九旗，加qiáng了对青海的管理;在新疆设立伊犁将军、参赞大臣、劣谟大臣、都统等，率兵分驻伊犁、塔城等地，巩固了对天山北路的统治。
平定准噶尔叛乱，突显了康熙卓越的军事才能，是其武功中最值得书写的一笔。
遏制沙皇俄国的扩张明末清初，沙俄在亚欧大陆上不断向东扩张，并于17世纪中期侵入了中国黑龙江地区。沙皇多次遣使来华，要求建立外jiāo和通商关系，但因俄国侵占中国领土等问题而遭到清政府拒绝。此外，由于清初国内尚未安定，所以直到17世纪80年代中期，康熙才对黑龙江地区的俄国据点雅克萨采取了有力的军事行动。
俄国因内外问题一时无力在东方大规模用兵，遂希望议和，被康熙接受。1689年，中俄订立了尼布楚条约，这是中国和近现代欧美国家签订的第一个条约。根据条约，额尔古纳河、格尔必齐河和直达于海的外兴安岭为中俄边界，外兴安岭和乌第河之间土地的归属另行议定。这样，黑龙江和乌苏里江流域的广大地区被确认为中国的领土。此后，俄国多次派遣使节和商队来到北京，清政府还在北京建立了俄罗斯馆供俄人居住。
* 康熙时期东西方的jiāo流
中国在唐宋时期乃至元朝，其面积和发达程度远远超过了中世纪的欧洲。在相当长的一段时间里，辉煌的中华文明影响着欧洲，比如丝绸、造纸术、印刷术、瓷器、火药、铸铁、船舵、罗盘、茶叶等都是从中国传入欧洲的，并对欧洲的历史進程产生了深远的影响。18世纪欧洲大盛“中国风” ，欧洲人不仅热衷于儒教思想，伦理道德和仁君思想，而且中国繁荣建筑风格，瓷器、家具和室内装潢也风靡一时。
欧洲与中国的jiāo往主要是通过商业和宗教这两种途径進行的。特别在清朝初年，一些耶稣会教士违背耶稣的“不要向东方传教” 的旨意，来到了中国，在传播基督教义的同时，也带来了与中华文明迥异的西方文明。
而康熙皇帝作为一位博学的皇帝，他不仅谙熟儒家典籍，对经学、史学、文学和艺术等颇有研究，而且对算学、天文、地理、光学、医学、解剖学等自然科学也有着浓厚的兴趣。正是在康熙时期的开明宽松政策下，一批传教士得以在中国传播西方自然科学知识和基督教义。康熙帝时，在清朝耶稣会传教士的国籍，有意大利、法兰西、日耳曼、奥地利、葡萄牙、西班牙、荷兰、比利时、瑞士、墨西哥等。
也正是在这一时期，西方的天文学、数学、医学(比如推广种牛痘以防天花)、解剖学等被介绍到了中国。
康熙皇帝怀着浓厚的兴趣学习着来自西方的文化，同时关注着西方科学技术的发展。在这方面和他并列的只有同时代的俄国沙皇彼得大帝。
康熙二十七年(1688年)十一月二十八日，白晋、张诚等6位法国科学家在乾清宫受到康熙帝的召见，他们献上了从法国带来的30件科技仪器和书籍作见面礼。这些非同寻常的礼品，令康熙帝“天颜喜悦”，当即决定让他们入宫，担任自己的科学顾问。从此开始了外国科学家在清朝宫廷从事科学活动长达数十年的局面。
白晋等人入宫后，与康熙相处很融洽，工作也很顺利。他们对康熙热衷科学的态度给予了高度评价，曾把他们的见闻写在给路易十四(1643～1715年)的报告中。1698年巴黎出版的白晋著《中国皇帝康熙传》中有过如下记述：康熙带着极大的兴趣学习西方科学，每天都要花几个小时同我们在一起，白天和晚上还要用更多的时间自学。他不喜欢娇生惯养和游手好闲，常常是起早贪黑。尽管我们谨慎的早就来到宫中，但他还是经常在我们到达之前就准备好了，他急于向我们请教一些他已经做过的一些习题，或者是向我们提出一些新的问题……