此时，抵抗派被完全打下去了，再也不能对议和派的卖国活动构成威胁。正是在这种背景下，8月1日，道光帝决定首先释放邓廷桢入关。9月10日，邓廷桢起程进关，林则徐赠诗送别：
得脱穹庐似脱围，一鞭先著喜公归。
白头到此同休戚，青史凭谁定是非?
漫道识途仍骥伏，都从遵渚羡鸿飞。
灭山古雪成积水，替浣劳臣短后衣。
回首沧溟共泪痕，雷霆雨露总君恩。
魂招jīng卫曾忘死，病起维摩此告存。
歧路又歧空有感，客中送客转无言。
玉堂应是回翔地，不仅生还入玉门。
邓廷桢的赐还放归，触动了林则徐的思归之情。
不久，文冲也获释入关归养。“天涯同是伤心侣，目送归鸿泪满巾 ”。林则徐望着入关的人群，心cháo起伏，不能自已。
1843年11月30日，张际亮客死北京，林则徐对这位力主禁烟抗英、不断寄书伊犁传递消息的知己之死，写下《哭张亨甫》一诗，表示深切的悼念：
尺素频从万里贻，吟成感事不胜悲。
谁知绝塞开缄日，正是京门易篑时!
狂态次心偏纵酒，鬼才长吉悔攻诗。
修文定写平生志，犹诉苍苍塞漏卮。
1844年5月28日，王鼎bào卒。林则徐回想往事，悲恸万分，作挽联云：
各位显韩城，叹鞅掌终劳，未及平泉娱几杖。
追随思汴水，感抚膺惜别，还从绝塞恸人琴。
国事日非，林则徐的心情更加沉重。门生戴□孙先后来过几封信，附赠诗作多首。“穷荒无与共赏 ”，林则徐每每情不自禁地拿出来独自诵吟，又痛楚地放下。
林则徐到伊犁后，一直处在病中。但他并未气馁，认定“虽毡庐雪窖，心安亦可为家 !”他借助带来的几车书籍，“摊残帙于打头屋里 ”， 研读文史，特别是新疆的边防史地。致力于研讨新疆的历史地理沿革。在祖国西陲边塞读史，林则徐具有和往昔不同的亲切感。同时，他还研究屯田备边的历史经验，着重了解清代在新疆屯田的情况。
1843年9月，林则徐从邸抄中获悉，前河南粮道淡chūn台因招募眷民100户赴巴尔楚克屯田，道光帝于7月20日下旨赏给六品顶戴，准予释回，觉得这是他为西陲屯田戍边效力的可行办法。林则徐经过深思熟虑，主动地向布彦泰提出捐办阿齐乌苏垦地的要求，得到布的采纳。这年冬天，林则徐组织当地民众，开始阿齐乌苏废地的初垦。
一年多来，林则徐的病体并未见复原，他抱病捐办阿齐乌苏垦地，认修龙口工程，充分体现他关切边疆开发事业的爱国热忱。这年冬天，原来特派履勘南疆各城垦地的伊犁参赞大臣达洪阿引疾开缺，恰好布彦泰报林则徐等捐办阿齐乌苏垦地完竣的奏折到京，道光帝遂下旨命布彦泰传谕林则徐赴南路阿克苏、乌什、和阗周勘。能够得到为西陲备边防边贡献余力的机会，林则徐“实为梦想不到”，使命是艰巨的，“事体既属繁重，道路又复绵长 ”，但林则徐毫不犹豫，决心“短衣携得西凉笛，chuī彻龙沙万里秋 ”。
途经乌鲁木齐期间，林则徐接到关内及伊犁等地友人的来信，使他了解到许多近事。对战败赔款，朝廷经费拮据，深感忧愤。下面这首诗，表示他对当时的银贵钱贱趋势的加剧深切关注：
漫将羞涩笑羁臣，此日中原正患贫。
鸿集未闻安草泽，鹃声疑复到天津。
纷看绢树登华毂，恐少纟留流度羽巾。
海外蚨飞长不返，问谁夜气识金银?
3月下旬，林则徐会同全庆首先查勘了库车的垦地，至6月，“已将六城地亩完行勘完， 陆续呈请将军具奏”，便沿着先前来南疆的路线回头向库车进发。7月8日，林则徐到布古，与全庆会勘喀喇沙尔垦地后，便折赴吐鲁番听候谕旨。9月接旨，命续勘伊拉里克垦地。10月1日，自吐鲁番至托克逊，6日前往查勘伊拉里克续修水渠工程。他先后亲历查勘的八城垦地，达68.97万亩， 行程3万余里。10月底，他又续奉谕旨，会同全庆前往哈密查勘塔尔纳沁垦地。在勘垦过程中，林则徐目睹沿途大部分地区得不到开发，曾经十分痛惜地感叹说：南八城如一律照苏松兴修水利，广种稻田，美利不减东南。
勘垦之外，林则徐还为边疆人民做了一些好事。比如在产棉地区倡导使用纺车，把内地汉族人民的纺纱技术向少数民族推广，这对边疆一些落后地区改进棉纺生产是有积极意义的。
林则徐周勘天山南北各城垦地，虽然和削职之后在广州“协办夷务”、 在浙江镇海军营及东河祥符工地“效力赎罪”一样，无权列衔上奏，但他仍以认真求实的态度，默默无闻地实gān着。
这个时候，清朝统治集团的对外投降活动，以签订一系列不平等条约成了定局，投降派人物也一个接一个地重新起用。为了缓和与抵抗派的矛盾，1845年10月29日，道光帝同意释放林则徐，回京以四五品京堂候补。
第七章 陕甘云贵献余生
1845年12月中旬，林则徐结束周勘新疆屯田事务，从哈密启程返京。入嘉峪关之前，他在途中接到道光帝命令他不必来京，以三品顶戴先行署理陕甘总督。
1846年1月，林则徐抵兰州，接署陕甘总督。在此之前，甘肃凉州、青海一带发生藏族部落劫掠官厂、边民牛马、杀戮官弁的事件多起，引起清廷震动，林则徐遂奉命驻扎凉州查办。
林则徐驻扎凉州时，藏族武装队伍已经转回青海河南一带，局势一时平静。为了筹划chūn天雪融后的军事行动，林则徐从凉州移驻湟中，于1846年3月2日抵达西宁。在此前后，官兵先后逮捕了配合藏族武装起事的藏、汉义民板什夹、王吉才等人，林则徐檄令解赴西宁审办。 由于到西宁后添受风寒，“咳嗽不止，竟至失音…… ”，林则徐不得不奏请给假医调。下旬，获准给假，从西宁返回兰州就医。
4月15日，自伊犁放归后任陕西巡抚的邓廷桢，病死于西安住所。25日，道光帝令林则徐为陕西巡抚，但须暂留甘肃，协助布彦泰等办理青海“番务”，俟办竣后赴任。林则徐自返回兰州后，“ 意已决然求退，不过因布宫保屡相劝阻，略待假满始陈 ”。假中接到这一命令，他再一次忠顺地服从，“ 乞骸之说，一时尚不敢言 ”。
这时，会剿黑错寺的清军又告失利。黑错寺喇嘛头目裹胁四沟藏族佃户，“每家各出人马及鸟枪刀矛”，和寺内僧人组成马、步队共1700多人，叠毙官兵、土兵，布彦泰和林则徐闻讯后，又令饬西宁镇总兵站柱统带援兵进剿。黑错寺平定后，清朝在陇西、青海藏族地区的统治得到加qiáng，林则徐遂于8月15日离开兰州，去西安赴陕西巡抚新任。
1846年8月30日，林则徐在西安接任陕西巡抚。
林则徐上任前二三个月，西安、同州、凤翔、乾州等地，纷纷告旱。秋冬两季，陕西旱情更加严重。在生机断绝的情况下，大批饥民和“刀客”结合起来，“或聚众黑夜抢劫，或结伙白日乱掠 ”。