赵秉钧过分想远离刺宋案，这使到袁世凯很不高兴，赵辞职后被袁改为给假养疴，其意思就是“你越想避，我就越不答应”。
赵秉钧除了对报馆记者解释外，还给了上海地方检察厅一封公开信为自己辩护。赵函如下：
……宋案一端，语涉秉钧，为秉钧一人之关系，虽不容借词掩饰，逆拒忠言，亦岂能含冤不伸，致同默认，兹特详细解答如左：原电内称宋案词连政府，洪犯固宜速求引渡归案讯办，赵总理亦应出庭受质，方能表白等语。查政府云者，乃国务总理及各国务员合同构成之有机体之谓也。此种有机体之政府，上负政治上之责任，此次宋案，纯然法律关系，而非政治关系，即云责任，何关政府，故谓词连秉钧则可，若谓词连政府则不可。不过秉钧以个人名义负责，决非以国务总理负责，揆之法理，皎然易明，浑称之曰政府，将与政治上连带责任有相混之处，未免失辞，此不可不辩者一也。宋之被刺，正犯为武士英，嫌疑犯为应夔丞，与洪述祖容有如何gān系，尚未判定，出庭受质与谁对勘，此不可不辩者二也。程都督、应民政长宣布宋案证据，其涉及秉钧者，惟手书两件，然一为发给密码，一为请领津贴，均属因公，已于勘电声明，原函可查，岂肯谋刺。若必以此影she，锻炼成狱，则程都督等所送全案证据中，又有应致洪函，内称“近往同孚路huáng克qiáng家，又为克qiáng介绍，将私存公债六十万，皆夔为之转抵义丰银行，计五十万元，昨被拨去二万，专任苏浙两处，暨运动徐皖军队之需，夔因势利用，欲擒故纵，不得不勉为许可，直陈于内以免受谗”等语。足见huáng克qiáng君亦与应关系密切，书信往来与银钱往来孰轻孰重，彼此俱立于嫌疑地位，而潜投巨赀煽惑徐皖军队，yīn谋内乱，比之秉钧，岂不更多一重罪案，何以克qiáng获免于诉追，而秉钧必须质讯，事同一律，办法两歧，此不可不辩者三也。以上三端，言之有故，敢陈衷曲，用质高明，抑更有说者。自武汉举义，彷徨受任，出领民部，又统一政府成立，始厕内务之席，猎总理之位，首尾年余，奉职无状，而于维持秩序，赞助共和，虽不敢告劳，亦幸免于罪。不图野心枭桀，攘夺政权，借端发难，含血喷人，而盲从附和者，误信流言，愈滋疑窦，其实秉钧与应、洪手函，业经印刷流播，万目俱瞻，与杀害是一是二，自无须辩护也。总之秉钧如果系谋杀共犯，供证确凿，自应束身司宪，无所逃刑，将来洪述祖到案，不难详加研讯，此时何凭与此案毫不相涉之二纸手书，便欲赴沪逮质，自蹈危机，区区之愚，殊难索解，知我罪我，惟命是听。
上海地方检查厅要票传赵秉钧，是5月8日的事，赵已于5月1日请准病假，国务总理是由段祺瑞代理。赵既然抗传不到案，袁复命北京总检察厅长罗文gān，令其宣称刺宋凶手为huáng兴和陈其美。5月16日有一个自称“女子暗杀团团长”的周予儆，向北京地方检察厅自首，说是奉了“血光团团长”huáng兴的命令，到北京来进行政治暗杀。第二天，北京军政执法处逮捕了参议院议员谢持，指控谢是血光团团员，于是“血光团”三字便不胫而走，人人争相传说，说这个“团”是个杀人不眨眼的秘密机关，绘声绘影，一若雍正的血滴子。北京地方检察厅便根据这个捏造的故事，票传huáng兴到案对质。这样一来，使得本已复杂动dàng的局面，增加戏剧性。同时使一般不明底蕴的人民如坠五里雾中。
6月11日，上海租界的会审公堂根据北京地方检察厅的来文，票传huáng兴，出乎一般人的意料之外，huáng一传就到，并且保证以后随传随到。《国民》杂志社曾有一篇访huáng的通讯稿，报导huáng被票传后的光明磊落态度：
“本社驻沪通讯员一日特访huáng克qiáng先生，谈及某党报纸诬蔑事，huáng先生不禁唏嘘感慨而谓曰：邪说横行，甚于洪水猛shòu，今之谓也。但诬蔑我个人之不足惜，为害中华民国则大足惜。通讯员又问及法庭召唤事，先生谓曰，是非自有公论，余辩亦无益，总期望大众常把中华民国四字放在心中，则幸甚矣。言毕，唏嘘不置，忧国忧民亦云至矣。”
北京国务院还发表了这么一个荒谬声明：
“宋在南方主张袁为总统，而己任内阁，陈其美一派深忌之，huáng亦恶其不举己为总统，且疑其为亲袁派也，亦欲排而去之。陈于是乘其隙，日嗾其徒，倡为举huáng之说，以离间huáng、宋之jiāo，而使他日内阁总理之庶归之于己。宋、陈之间暗cháo已极激烈，应本陈旧部，武又huáng之私人，适洪述祖因宋争内阁，恐赵不能安于其位，欲败宋之名誉，以全赵之位置，托应求宋之劣迹，应以之告陈，陈乃利用此时机，假应、武之手以杀宋，而归其罪于中央。其用心之狠毒，实为意料所不及。其破案之速，亦由于陈者。盖应、武初不料主使之人忽为反陷之举，遂毫不设备，亦不遁逃。而陈事前既为间接唆使之人，故一索即得也。既获之后，武士英在法公堂已经供出。陈以廿余万之巨款贿通法公堂，将供词全数抽改，复以威吓应谓能诬赵、洪则其罪决不至死，且能以巨资相赠，若直供不讳必置之死地而后已。及移jiāo检察厅后，陈虑武仍如前供，乃毒杀之以灭口，而以巨金贿西医剖验以为病死，于是应益有所惮而不敢言。此皆应亲告其所延之律师，且谓非转移他处不在若辈范围以内，则此案真象，必不可得。渠在监内日夜防护，以巨金赂典狱者，每食必与人共座，俟人先尝，然后下箸，否则不食，其危险之状已可想见。huáng克qiáng前此主张组织特别法庭，实欲以一手掩尽天下耳目也。既为法部所扼，计不得售，则以暗杀之说要挟厅长，必欲其入赵以罪。日前竟有要求审判官下缺席裁判，宣布赵、洪死刑之请。幸厅长尚未允诺，然闻若辈之意，非办到此层不可。裁判所移转之事，不知是否为法律所许，若能办到，但移至湖北，则此案不难水落石出矣。”
宋教仁被刺后，凡牵连宋案的人都在后来不得善终，如：
武士英在监中糊里糊涂死去。
应桂馨在民国2年7月25日被一群流氓劫狱救出来，逃到青岛躲避风声。国民党讨袁战争（所谓二次革命）失败后，应认为是个出头的机会了，于是公开发出请“平反冤狱”
的通电。第一通电报说：“叛变削平，宋实祸首，武士英杀贼受祸，功罪难平，请速颁明令平反冤狱。”第二通电报说：“宋为主谋内乱之人，而竟死有余荣；武有为民除害之功，而竟冤沉海底。彼国民党不过实行宋策，而种种戏剧实由宋所编制，当时若无武之一击，恐今日之域中，未必有具体之民国矣。桂馨栖身穷岛，骨肉分离，旧部星散，自念因奔走革命而已破其家，复因维持共和而几丧其身，伏求迅颁明令，平反斯狱，朝闻夕死，亦所欣慰。”10月20日他公然由青岛到北京，住在李铁拐斜街同和旅馆，他的旧相识胡翡云此时也搬到北京，在松翠班搭班，两人往来如旧。他写信要求袁实践“毁宋酬勋”的诺言，并且张开狮子大口要求给他“勋二位”和现金50万元。袁本想赏他一笔钱叫他离开北京，但他仍坚持他所提出的两大条件，少一条都不成。有人提醒他说：