永历二年yīn历六月十日（公元1648年），李成栋变易冠服，拜永历正朔，发兵逮捕佟养甲辽籍亲兵一千多人，“屠之”，并裹胁佟养甲一起向永历递降表。由此，广东十郡七十余县共十多万兵士归附南明，李成栋获封惠国公，李元胤获封锦衣卫指挥使，袁彭年为都御史，连迫不得已投降的佟养甲也被封为“襄平伯”。（袁彭年名士之子，文人习气不轻。他于崇祯甲戌年中进士，年青有才名。弘光帝立，袁彭年得封礼部给事中，由于生性亢直，上疏揭发马士英、阮大铖罪恶，被弘光帝罢官。隆武帝立，诏复原官。清军入福建，袁彭年降清。“（彭年）以伉直鸷击，负时重望，然挟谋数，工揣持，不能淡于权势，故死生大节无足取者”（王夫之语）听说金、王两人江西反正，何腾蛟等明将连胜湖南湖北，家乡在湖北公安的袁彭年自然心动，与李承胤一起鼓励李成栋反清。入永历朝后，袁彭年又卷入与马吉翔等人的争权夺利之中，后被冷淡，出居肇庆。清军再次攻陷广东后，袁彭年又去官署自首，声言当初李成栋bī自己反清。估计他的名气大，又是文人没有大威胁，清政府竟又饶他一命。“归里，挟策游潜、沔，以诗自鸣。未已，病死。”袁公子性情反复，也是明末无行文人的一个典型）
否极泰来。广东、江西、湖南、湖北等大片地区一时又遍树明朝旗帜，尽复明朝衣冠，“乌纱吉服，腰金象简满堂，如汉宫chūn晓”。不久，靖州、沅州、梧州、金川、宝庆等地也相继入明，真正“形势一派大好”。
“重新做人”之后，李成栋真有刮骨洗肠之效，忠心耿耿，一心事明。他不仅派人把桂林永历帝父亲的陵寝整修一新，又派兵迎永历帝移跸肇庆。
时穷节见杀身成仁——李成栋的最后岁月
鉴于刘承胤挟帝自重的前鉴，瞿式耜上书请永历帝到桂林。不过，瞿式耜这份担心纯属多余，李成栋对永历帝确实一份纯诚之心。他在肇庆修治宫殿，重建官署，修复城防，填充仪卫，使得“朝廷始有章纪”。1648年11月，永历帝驾临肇庆。
李成栋“贼”军出身，复与高杰为明军招安，接着又降清军，只见过隆武帝的尸身和那个登基不一个多月即成擒的绍武帝。现在奉永历为正朔，他还真没有足够的心理准备面见明朝新君。虽见进之前，他还向一帮儒臣宾客练习面君时的进退礼节和应对之语。“及见，上（永历）温颜接之，赐坐，慰问再四。”李成栋只是跪伏在地上浑身乱颤，没有一句答言，最后“叩头趋出”。
出殿后，他的参谋很奇怪他为何没有与皇上对话。李成栋回答说：“吾是武将出身，容止声音，虽禁抑内敛，犹觉勃勃高声，恐怕回言时惊动皇上，有失人臣礼节。”从前杀人如麻，嗜血成性的李将军，这一番真心剖白，真令我们刮目相看。（不过这永历帝确实有人君之威仪。永历十六年（公元1662年）他最后被吴三桂抓住，关进监狱后，清军各级官将出于好奇参观这位爷，都不自觉地“或拜或叩首而退”。吴三桂本人前往，永历帝问“来人为谁？”吴三桂竟然双腿打晃，伏地不能起，“色如死灰，流汗浃背。”虽然其中有皇家嫡系、九五之尊的伦威所致，但他的堂皇仪表，大概也真有九五人君的样子）。
为了表示对李成栋的尊宠，永历帝特敕拜李成栋大将军、大司马，并效刘邦拜韩信故事，封坛拜将，殊荣无比。为报知遇信赖之恩，李成栋马上返回广州，募兵治军，准备入江西声援金声恒等人，恢复大明江山。
在肇庆时，李成栋对永历宠臣马吉翔的权势已有所见，回到广州，出于耿耿忠心，他上疏永历帝，说：“恩威不出陛下而出旁门，匪人滥进，货贿公行……社稷存亡之大，非细故也，臣不敢不言。“马吉翔见此疏，深恨李成栋。不久，李成栋已经集结兵马准备北上南雄进入江西抗清，临行前想入肇庆与永历帝临别。马吉翔闻讯，连忙于宫中造谣，说李成栋想仪效董卓和朱温，想趁入见时解散皇帝亲兵，以他的旧部替代，把皇上当傀儡。
由于李成栋昔日疯狂屠杀明军的表现仍历历在目，永历帝不能不疑。他派遣鸿胪卿吴侯去安抚李成栋，告诉他不必面君。李成栋一片赤诚，对此一无所知，直到他见到在朝中任官的义子李元胤，才知道自己被马吉翔冤枉的实情，他叹息说：“我初归附国家，诣阙面君是正常的礼节。此次出行，誓死岭北，只想与皇上辞别，jiāo付公卿大臣后事，不想小人辈汹汹如此，恨吾不能剖心示诚，坐受无君之谤，徒以血肉付岭表耳！”行至三水，永历使臣驰至，仍敕其不得入朝。李成栋“望阙大恸”，从清远顺流而去，临行之时，他长叹道：“吾不及更下此峡矣！”
清军方面，在中原聚集满、蒙、汉大军数万人，一支军由孔有德、济尔哈朗指挥，bī向湖广。另一支军由谭泰、尚可喜、耿仲明率领，直扑江西南昌。1649年3月1日（永历三年），南昌陷落，金声恒杀妻子，焚厩舍，自刎而死。王得仁与清兵巷战，死于战场。湖南的明将何腾蛟也被清军俘获，于湘潭就义。
李成栋提北北上，屡战屡北。也真是天不祚明，他为清朝从北往南打杀时，一路势如破竹。反正以后，他由南往北打，连连败绩，十多万大军沿路伤亡殆尽。1649年4月，南昌金、王两人败亡后，赣州的清将高进库再无北顾之忧，聚集全部jīng锐部队在信丰进攻李成栋。鏖战一天，李成栋部下大将多死，士卒溃逃，粮食又吃完。部下将领请李成栋退师，寻找机会再图重兴。已经绝望的李成栋索酒痛饮，投杯于地，大言道：“吾举千里效忠迎主，天子筑坛以大将拜我，今出师无功，何面目见天子耶！”言毕，竟不带随从，控马持弓渡水，直冲清宫大营，“不择津涘，乱流趋敌”，估计加上饮酒过量，伤心欲绝，竟于中途摔入水中，遇溺而亡，结束了他令人费解、充满杀戮、反反复复、又不失波澜壮阔的一生。
讣闻，明廷震悼，赠太傅、宁夏王，谥忠烈。（值得jiāo待的还有李成栋养子李元胤。李元胤，字元伯，河南南阳人，原本是儒家子弟，李成栋为盗时掠良家子，养以为子。自少年时代起，李元胤一直跟随李成栋出生入死，“稍读书，知大义”，而且“心计密赡，有器量”。其义父降清时，李元胤怏怏不乐。日后李成栋反正，李元胤绝对是劝成首功之人。佟养甲被胁迫降南明，一直郁郁寡欢，暗中与清廷联络，准备内应反攻明军。佟养甲的信使为李成栋所获，李成栋想马上杀掉这位老上司。李元胤劝李成栋一定要先禀永历帝后再杀佟养甲，不可专杀。李元胤到佟养甲处，假意告知说朝廷派他屯军梧州。佟养甲大喜，本来一直装病，听说有命派他外镇，觉得终盼蛟龙入海之日，忙带亲兵上船，沿河而下。李元胤奉永历手谕，于半路邀击，遍杀佟养甲及其亲丁数百。李成栋战死后，永历仍旧信任李元胤。明将杨大甫屯居梧州，常常劫掠行舟，杀戮往来军使抢夺贡物。李元胤上疏，请永历帝召杨大甫入见趁机诛杀。君臣饮酒之间，永历诘责杨大甫，这位桀骜的武将竟想趁势劫持永历帝。一旁侍饮的马吉翔等人失声跑掉，李元胤在后一脚把杨大甫踹个大马趴，把他逮住缢杀于船外。永历四年，清军攻梅岭，明将罗成耀弃南雄逃跑。见时势已去，罗成耀暗中约降清军，想攻取肇庆先立个功。永历帝知悉此情，忙派李元胤乘间杀掉这个国贼。李元胤平时和罗成耀关系不错，就相约游船饮酒。舟泛中流，李元胤忽然把正在绳chuáng上忽悠的罗成耀掀翻在地，以利刃一刀结果了这个叛贼。众人大惊，李元胤不慌不忙，以敕示众人：“有诏斩成耀”。“移尸涤血，行酒歌chuī如故。”“元胤三斩叛将，决机俄倾，而皆先清敕行事，不自专也”，有忠有智有勇，确是一个人才。不久，永历朝内元胤孤军守肇庆，并独军于西南驿击败清军。由于永历帝及一帮臣下各自鼠窜，李元胤孤军不支，被清军重围于郁林。绝望之下，李元胤穿上大明朝服，登城四拜，哭叹道：“陛下负臣，臣不负陛下”，言毕自刎而死。广东重又尽陷于清军之手。）