经过如此惨酷的“三屠”，江南大部分地区远近始剃发，称大清顺民。可见，血海肉山终于使反抗的烈焰渐趋熄灭。李成栋也因此“赫赫”功劳，被提拔为江南巡抚。不久，清廷又把他调往东南，派他去平灭南明的另一个皇帝隆武帝。
先行鹰犬隆武殒落——李成栋对隆武帝的歼灭战
受努尔哈赤的孙子博洛贝勒直接指挥，李成栋又成为满清平灭南明隆武帝的先锋大将。
南明隆武帝朱聿键原为宗室唐王，是太祖朱元璋九世孙。朱聿键的爷爷老唐王嫌世子（朱聿键之父）嘴舌上长个大瘤子，又爱小妾生的儿子，就暗中把朱聿键父子囚禁起来想活活饿死他们（当时朱聿键才12岁）。幸亏暗中有人帮忙送饭，父子在囚房中过了十六年。眼看就要熬到头，朱聿键的父亲又被急切想袭唐王王位的弟弟毒死。老唐王不久病死，作为嫡孙，朱聿键终于在朝廷恩旨下袭封唐王。
其时，正值崇祯末年，国家多难，朱聿键报国心切，竟不顾“藩王不掌兵”的国规，率兵从南阳北上，中途和“贼兵”jiāo手，互有胜负。由于朱棣正是以藩王身份反叛得天下，故而明朝对藩王防备极严。藩王尽可在王府内jianyín吃喝醉生梦死，惟独不能兴兵拥将离开藩属。即使朱聿键动机纯粹，仍使崇祯帝大怒，派锦衣卫把这位唐王关进凤阳皇室监狱。
崇祯帝自杀后，弘光帝继位，朱聿键才被放出来，但已经又被关押8年多。这位金枝玉叶真是倒霉，活到43岁的年纪，在囚牢里倒有24年之久。弘光朝并未恢复他的王爵，责其往广西平乐府居住。朱聿键刚刚走到杭州，短命的弘光朝已经玩完，朱明又一个王爷潞王在众人推戴上于杭州自称“监国”（代理皇帝），三天后，清军杀到，一直被寄予厚望的潞王朱常芳与属下没做任何抵抗，向清军献城投降。
此前一天，朱聿键已离开杭州。潞王被俘消息传来，huáng道周等明臣上疏劝朱聿键监国。在郑芝龙家族拥护下，朱聿键在建宁（今福建建瓯）称监国，二十天后，他又在福州正式称帝，改元隆武。举行大典仪式当天，“大风雾起，拔木扬沙”，尚玺官的坐骑受惊，玉玺摔落，碰坏一角。虽然兆征不祥，君臣还是很有平复天下的决心，锐意恢复。由于身世坎坷，隆武帝和弘光帝迥然不同，他善于抚慰群臣，乐于纳谏，甚至同意招纳“大顺军”（李自成军）余部，以共同抵抗清军。同时，针对南明军杀害剃发的平民一事，他也予以阻止：“兵行所至，不可妄杀。有发为顺民，无发为难民。”这一谕旨使得一般百姓欢呼鼓舞，纷纷来投。
虽为英明为主，隆武帝却一直为郑氏集团所架空。以郑芝龙、郑鸿逵、郑芝豹、郑影为首的郑氏家族，都是大海盗头子出身，数十年横行福建、广东、浙江一带沿海，兼商兼盗，崇祯初年受招安后，趁天下大乱之际一直忙于扩大地盘，充实实力。郑芝龙等人推举隆武帝，其实也是看上了这位爷“奇货可居”，朝中一切实权都掌握在郑家手里。（郑芝龙从小就不是好货，不到二十岁，就因为勾引后妈被父亲驱逐出家门为盗。郑家惟一的忠臣，只有一个郑成功。郑成功原名郑森，是郑芝龙和日本老婆生的儿子。郑芝龙有一次带郑成功入宫，隆武帝见之大悦，以手抚其背，说：“恨无一女配卿，卿为尽忠吾家，毋相忘也。”赐郑森名成功，命为御林军都督、仪同驸马都尉，时人称之为“国姓爷”。后来郑芝龙降清，郑成功写信说：“父子不能为忠臣，子不以为孝子”，一直忠于明朝。当然，他最后仍弃大陆恢复于不顾，击走荷兰红毛，盘踞台湾，虽后世认为他有收复之功，在当时都为人所诟病，尤其是他软禁鲁王，毒死抗清明将张名振，远离故土大陆，使广大明朝遗民失望。）
郑氏家族不仅傲慢无上，还卖官鬻爵，大肆搜刮百姓，横毒凶bào甚至超过弘光朝的马士英，以至于“受害者延颈待清兵，谣曰‘清兵如蟹，曷迟其来！”（计六奇《明季南略》）一帮发迹的海盗jian商，经营朝政仍同于经营生意一样，如此，其后果可知。同时，由于当时另一个宗室鲁王朱以海在绍兴也称监国，两个朱明同姓政权也产生龌龊，最后竟闹出互杀来使的事情。
至此，隆武帝三面受困，一受制于郑氏家族，二要防鲁王军队，三则李成栋率领的清军节节bī近。无奈之下，隆武帝声言要亲自北伐，以挽颓势，但总领大军的郑芝龙冷笑一声，理也不理。老忠臣huáng道周以六十之年，带数名门生故吏，一路招至九千多人，北上抗清，千辛万苦，百死愁绝，终为清军俘获，慷慨就义。愤懑之下，隆武帝再也不顾郑氏阻拦，携数千明兵“御驾亲征”。而平日在海口作威作福、杀掠抢劫的郑影等人忽然弃新城（今江西黎川）而逃。郑芝龙早已暗中与清兵约降，福建名关隘均无人把守。
而李成栋的清军在浙江等地一路大胜，先后攻下绍兴、东阳、金华、平州，很快攻陷郑鸿逵所守的仙霞关。隆武帝逃湖南不成，又想取道汀州去江西，此时的“御驾亲征”已变成“御驾亲逃”。一边是隆武帝臣下的众叛亲离，离心离德；一边是李成栋的驭兵有方，指挥苦定，此间情形，让人慨叹。
如此危难紧急关头，酷嗜读书的隆武帝仍然“载书十车以行”，边逃边读，边读边逃。小路狭隘，书又死沉，更拖慢了诸人的逃跑速度。隆武帝在汀州刚刚歇过一口气，转天凌晨，就有大队身穿明军军服的人叩汀州城门，声言护驾。守门士兵不知是计，城门一开，原来都是李成栋派出化装的清军。隆武帝闻乱惊起，持刀刚入府堂，为清军乱箭she杀，同时遇难的还有其皇后曾氏和不满月的皇子。
隆武帝一家三口的人头献上，李成栋更得清廷垂青，命他与佟养甲一起，驻军福州，以观时变。
铁蹄迅疾再擒一龙——李成栋生擒南明绍武帝
隆武帝“御驾亲征”之前，留下自己的四弟朱聿粤在福州留守。1646年（隆武二年）八月福州陷落，朱聿粤仓惶乘船逃往广州。不久，隆武帝死讯传出。十月，瞿式耜、丁魁楚等人在肇庆拥立永明王朱由榔（后来的永历帝）于肇庆“监国”。
隆武朝的大学士苏观生与丁魁楚素有过节，福州陷落时他正在广东募兵，出于个人恩怨，他提出“兄终弟及”之说，于十一月在广州拥立朱聿粤为“监国”。三天后，就举行登极大典，改元绍武。不到半个月，永明王也在肇庆称帝，改元永历。隆武帝时就有鲁王朱以海称监国。现在，南明又出现二帝并存的局面，大敌当前，形势如此严重，这些人仍蹈明后期的积习，互结朋党，各援党系。最为可叹的是，苏观生还下令杀掉永历朝的来使，激得永历帝派兵部右侍郎林佳鼎举兵“讨伐”，绍武帝也派陈际泰向肇庆出发，旗号也是“讨伐”。
十一月底，两支南明“讨伐军”相遇于广东三水，永历军先获胜利，攻杀800多绍武兵，陈际泰láng狈而逃。林佳鼎得意忘形，挥军直杀广州而来。绍武帝一下子着慌，苏观生倒有主意，他派林察率数万海盗（现已招安为绍武军）前往迎敌。林察与林佳鼎是旧相识，就派人诈降。林佳鼎信以为真，置林察兵于不顾，径自带领战船追击往海口方向窜逃的绍武残军。林察所率的昔日海盗个个勇于海战，又富于经验，暗中设伏，突然向永历军船施放火器，永历兵大惊溃败，不是被水淹死、被火烧死，就是被自家明军杀死，林佳鼎本人也受pào击，死无全尸。永历军只有三十余骑人马逃出此厄。