这下可好，本来渐趋平静的江南地区顿时如水入沸油般四处bào散起反抗的怒cháo。“身体发肤，受之父母，不得毁伤”。一直以孔孟伦理为原则的中国人，无论官绅还是普通百姓，都不能接受自己在形象上变成野蛮的“夷狄”。即使是统治中国近百年、残bào横行的蒙古统治者，也从未下令要汉人改变装束。
一朝天子一朝臣。以家族宗法儒学为源的中国人，或许能把朝代兴迭看成是天道循环，但如果有人要以衣冠相貌上qiáng迫施行历史性的倒退，把几千年的汉儒发式和盛唐袍服变成“猪尾巴”小辫，不仅仅是一种对人格尊严的侮rǔ，简直就类似“阉割”之痛。而且，以上种形象活着，死后都有愧于祖先，没有面目见先人于地下。如果从文化、财产、等级等等方面在士大夫和平常民众还存有歧异的话，在这种保卫自身jīng神和风俗的立场方面所有汉人几乎都表现出惊人的一致性。原本已经降附的地区纷纷反抗，整个中国大地陷入血雨腥风之中。
连真心归附清朝的汉人学者也在笔记中纷纷不平地记述道：“我朝（清）之初入中国也，衣冠一仍汉制（其实朱元璋下令是遵依唐制）。凡中朝臣子皆束发顶进贤冠，为长服大袖，分为满汉两班。有山东进士孙之獬，yīn为计，首剃发迎降，以冀独得欢心。乃归满班则满以其为汉人也，不受。归汉班则汉以其为满饰也，不容。于是（孙之獬）羞愤上书……于是削发令下，而中国之民无不人人思螳臂拒车斗，处处蜂起，江南百万生灵尽膏野草，皆（孙）之獬一言激之也。原其心，止起于贪慕富贵，一念无耻，遂酿荼毒无穷之祸！”（《研堂见闻杂记》）。
不过报应也真迅速，三年多以后，因为受人钱财卖官，孙之獬受弹劾，被夺职遣还老家淄川。恰好赶上山东谢迁等人起义，攻入淄川城，孙之獬一家上下男女老幼百口被愤怒的民众一并杀死，“皆备极yín惨以毙。”孙之獬本人则被五花大绑达十多天，五毒备下，头皮上被戮满细dòng，人们争相用猪毛给他重新“植发”，最后还把他的一张臭嘴用大针密密缝起，肢解碎割而死。“嗟呼，小人亦枉作小人尔。当其举家同尽，百口陵夷，恐聚十六州铁铸不成一错也！”此种下场，连仕清的汉人士大夫也不免幸灾乐祸。
剃发令下后，太仓、秀水、昆山、苏州、常熟、吴江、嘉定等广大地区义民纷起，纷纷杀死清军安排的地方官吏，开始了反清复明的抵抗运功。其中有嘉兴徐石麒、松江沈犹龙、常熟何沂、太湖徐云龙、昆山朱集璜等等。
多铎忙派八万清军回师江南，并以李成栋这样的明朝降将为主力，进攻义军占领的城市，仅在昆山和江yīn就杀害了十多万起义的居民。
昆山本来局势平静，剃发令下，“人心方骇”，民众争起，杀掉清军委任的阁丞茂才，烧掉县衙，并把巡抚官署也一把大火烧为平地。清军李延龄受李成栋指派，以铁骑围城，先杀义民数千，而后，清军入城，开始屠城，大杀三天，方下令“封刀”。“是两日天气晴明，而风色惨淡，空中无一飞鸟，暮皆大雨，震雷轰烈……初八日，王师（清军）拘掠千艘，载虏获西去。约计城中男妇踰垣得出者，十无一二。巧掩得全者，百无一二。骤遇炎雨，尸皆变色……其死亡状，有倚门、卧chuáng、投阁、扳槛、反缚、攒捆、压木柱、斩首、斫颈、裂肩、断腰、剜肠、陷胸、肢解、才磔种种之异，以至悬梁挂树，到处皆是；井坎池潭，所在皆满，呜呼惨矣！”（《鹿樵纪闻》吴伟业）如此惨状，1937年南京倭寇屠城又扩大数十倍而重演。
李成栋明将出身，善用大pào攻城。屠略昆山后，他又率清军拥数十门巨pào，进攻江yīn城。一时间pào声震天，江yīn城墙塌落多处。在此之前，江yīn军民先上演一出真假“空城计”，大开城门，诱清军入城，夜中时分伏兵四起，斩清军大将一名以及早已叛清的明将许定国（杀高杰那位）。李成栋军猛攻六天，才把江yīn城攻克。“王师（清军）乘烟雾混杂时，逾入屠之……丁壮在城者，战死已十六七，空壁而已。”江yīn城虽不大，抵抗最力，最城阖城遇屠，情状惨烈！
1645年7月底，李成栋率所部五千多人向嘉庆进bī，并于路上就开始jianyín杀烧。嘉定居民在明朝进士huáng淳耀等人带领下，用大木、巨石填塞城门，誓死拒守。8月中旬，李成栋猛攻嘉定城北的娄塘桥，杀死上万民众。8月24日夜，由于天降大雨，城上不能张灯，李成栋趁黑派兵潜伏于城根下挖地道，在其中暗埋火药。黎明时分，李成栋用大pào猛轰，引燃火药，“地裂天崩”，城墙倒塌，清军乘间烽涌而上，“悉从屋上奔驰，bī行无阻。城内难民不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流。”huáng淳耀兄弟奋战力竭，最后相对自缢殉国。
由于李成栋的弟弟在此之前在一江伏击战中被杀死，出于野蛮的报复之心，他下令部下屠城。“成栋持刀，下令屠城，约日入后闻pào即封刀。时日暑正长，各兵遂得悉意穷搜，家至户到……”（吴伟业）。清军“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草从棘，必用长枪乱搅”，一心要杀个jī犬不留。当时的惨景，有亲历者朱子素的《嘉定屠城略》作证：“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉láng籍”，一幅活的人间地狱图。
清军遇见年青女人，就当众白昼轮jian。如遇抵抗的妇女，这些人形shòu物就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行jianyín。一顿杀戮过后，李成栋属下又四处劫掠财物，见人就喊“蛮子献宝”，随手一刀，也不砍死，被砍人拿出金银，清兵（其实是前明军）就欢跃而去；腰中金银不多者，必被砍三刀，或深或浅，刀刀见骨。当时“刀声割然，遍于远近。乞命之声，嘈杂如市。”最后，这五千拖着大辫子的汉人清军竟抢夺三百大船的财物，统统在李成栋的指挥下运离嘉定。此为嘉定一屠，共有近三万人被屠杀。
几天之后，有一名叫朱瑛的义士聚集逃跑于周遭的民众共两千多人，重新回到嘉定，并处死归降清军的汉jian和清军委派的官吏，在葛隆一带还设伏消灭了李成栋的一支小分队。气恼至极的李成栋忙率军回攻嘉定，并在路上把葛隆和外冈两个镇子的居民全部杀光。被民众赶走的清军委派的县令浦嶂为虎作帐，又领着李成栋军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个jīng光，积尸成丘，然后放火焚尸。浦嶂不仅把昔日几个朋友娄复文等人整家杀尽，还向李成栋进言：“若不剿绝，必留后患！”清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，竟在忽然之间杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，吴之番所率兵民大多未经过作战训练，很快就溃不成军，吴将军自己也提枪赴陈而死。李成栋军第三次攻城，不仅把吴将军数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为“嘉定三屠”。