为此，院下设立敦煌保护研究所、敦煌考古研究所、敦煌遗书研究所、敦煌美术研究所、敦煌音乐舞蹈研究所。还有资料中心、编辑部和摄影录像部。
(各所工作画面。有代表性人物的镜头)
一个庞大的全方位的将保护与研究合为一体的学术机构，面对着这个人类文化的宝库。莫高窟进入了它在文明事业中大有作为的时代。
段文杰任敦煌研究院院长。他是在1946年国立敦煌艺术研究所被撤销的最艰苦的岁月，奔往敦煌的。他和常书鸿等早期来到敦煌的学者一起，把一生的时光都无悔无怨地放在莫高窟里了。
(段文杰20世纪40年代照片资料)
敦煌研究院的建立推动了科学性的保护与研究。1993年研究院与美国盖蒂保护所共同举办“丝绸之路古遗址国际学术研讨会”。15个国家100多位的文物保护专家参加会议。它表明敦煌莫高窟开始运用人类最先进的科学技术，来保护古老的文化遗产了。
科学性保护主要是注重对石窟病害机理的研究，壁画修复技术的研究，还有先进科技手段的应用研究。从宏观保护到微观保护建立起一个完整的系统。
如今所有危害石窟的或明或暗的因素，都已了如指掌，并有了相应的对策。
沙害是来自大自然的最大的危害。
莫高窟窟顶上是一片平坦的戈壁，分布着大大小小的沙丘，远处与鸣沙山紧紧相连。每逢西风骤起，沙子在窟顶戈壁上通行无阻chuī过来，跟着就像瀑布一样从窟顶倾泻而下，堆积在窟前。每年大约有3000立方米的沙尘进入窟区!危害之大真是惊人。英国科学家李约瑟说过：
“在我十二年前(即公元1943年)去敦煌的时候，最低的石窟大部分埋在沙子里。”
把底层的dòng窟一个个挖出来，曾经是常书鸿、段文杰一代人重要的使命之一。
然而，沙尘的危害不仅破坏景观，污染环境，还会侵蚀崖壁，磨损珍贵的壁画!
目前建立起来的“以固为主，阻固结合”的防护体系，是治理沙害有效的措施。它综合地应用工程、化学、植物等多种方式。除去栽种耐旱植物来防止风沙搬运之外，便是通过联合国教科文组织世界遗产委员会，与美国盖蒂保护所合作，将一种三角形耐热耐寒、高密度、尼龙材料的防沙网，设置在窟顶沙山周围，阻挡沙尘飞入窟区;同时在窟顶浮沙中灌注硅酸纳和硅酸钾，使沙粒板结，不能再流动。
(演示操作过程。展示防沙效果)
肆nüè的风沙在这道尼龙网前变得驯服了。
这种经过反复试验而采用的高明的手段，使沙害得到明显有效的控制。
装在窟门上的滤沙网是又一道严密的防线。不再有风沙来摩擦壁画敏感又美丽的皮肤了。
裂缝是来自地质本身的病害。
这里的地质属于酒泉系的沙砾岩。它是由小鹅卵石、沙土和钙质物胶结而成。它不像河南龙门石窟和山西云冈石窟那样石质坚硬，易于雕刻，所以聪明的敦煌塑工们才采用壁画和泥塑方式来为佛造像。这种松软的沙砾岩，容易风化，浸湿后还会脱落。公元417年以来，这里有记载的地震就有数十次。大大小小、或明或暗的裂缝便是地质性病害的表现。尤其是榆林窟，所处地势低沉，崖壁常常被上涨的深谷溪流所淹浸，病害表现得尤为明显。
研究人员通过长期的科研，制订一套将治疗和预防相结合的保护方案。首先是把地下水有效地控制住，剪除病害的一个关键性根由。
采用锚索技术固定松裂的岩体。用月牙形喷锚牛腿托住危石。对于崖壁的裂缝与孔隙则施行灌浆封闭，使岩石重新成为坚固牢靠的整体。
(灌浆的过程和灌浆后的状况)
壁画，它的薄薄的表面上布满了艺术家的感觉的神经。它是最容易受到伤害的。哪怕色彩微妙的改变，线条些许的走样，清晰度变得模糊起来—画面的情感与力度也会全然不同，魅力陡然地失去了。
古代壁画服从于宗教的应用。如果壁画损坏了，通常的整修方式是抹上草泥，刷上白粉，重绘画;如今壁画是珍贵的古代文化遗存，倘若受损，必须千方百计消除损伤的痕迹，整旧如旧，恢复原貌。
在历时一千多年的漫长岁月，dòng中壁画经受着人为的刻画涂抹，烟熏火烤;大自然的风chuī沙浸，日晒雨淋，再加上当时制作技术有限，材料原始，泥皮粉浆的附着力差，颜色容易老化变质，各种各样的病害就侵入到壁画中来。
这些染病的壁画，有的起泡，有的guī裂，有的泥皮疏松，摇摇欲坠;有的表面起甲或苏碱，直接负载着画面的粉层完全失去了力量，裂开翘起，几乎一触即落。
然而，在治疗这些病害之前，先要弄清它的病因。
意大利罗马西斯廷教堂米开朗基罗绘制的穹顶画，年久变色，是由于过往几个世纪里香烛的熏染，再加上一次次整修时刷上去的亚麻油变质所致。而米兰圣玛利亚教堂修道院餐厅达·芬奇的壁画名作《最后的晚餐》，表面剥落不堪，则是由于微生物的腐蚀。
(米开朗基罗《西斯廷教堂穹顶画》。达·芬奇《最后的晚餐》)
微生物是一种霉菌。敦煌莫高窟中发生霉变的dòng窟有十余个。
(莫高窟第53、54、107、115、186、200、238、140、256、435、444、467、469等窟)
大部分是底层dòng窟。由于过去进入流水，或被沙埋，里边温暖cháo湿，黑暗而不通风，霉菌便迅速地生长起来。
这种霉菌群生在壁画的细微的裂缝里，一旦遇到适宜的湿度与温度，便bào发式地生长，产生张力，使壁画起甲与苏碱，敦煌的研究人员已经弄清霉菌的种类，采用对症的灭菌剂和控制dòng窟湿度是对霉变进行防治的最佳手段。
对于已经苏碱的壁画必须及时治理，否则便要剥落甚至丧失。
壁画的起甲与苏碱，是最难治疗、危害最大的染病。经过多年的试验，终于发明了一种“针头注入修复法”。
先用chuī气球、羊毛笔等工具将起甲和苏碱处的尘土和积沙清除gān净。进而用注she针筒注入一种用聚酸乙稀和聚乙稀醇配制的黏合剂。再用白绸按压壁画使其粘牢。最后用小木棍滚动轧平。
壁画表面还要敷上一层无色透明、不反光的保护液。
(演示治除病害时的各个程序)
这种方法真有些神乎其神，可怕的起甲和苏碱的壁画得到完全的治愈。
壁画的寿命被延长了。佛的寿命也被延长了。你说在人与佛之间，谁延长了谁的寿命?
敦煌石窟的保护还在不断遇到新的挑战。
在它神奇的艺术魅力和巨大的文化诱惑吸引大量游客的同时，新的威胁也在同步地产生。保护措施必须建立在这些威胁的前头。
(安全管理系统。玻璃屏风。新dòng窟门)
游客带来的不仅是安全问题。
1984年1月7日美国《华尔街日报》的报道说：“多少世纪以来，沙漠的gān燥气候保护了石窟，现在每天参观石窟的旅游者络绎不绝，他们在石窟内的呼吸，使石窟的空气变得很cháo湿，因而使壁画的色泽受到了损坏。”