吴长庆率军进抵韩京南门，分营屯扎，通知大院君来营答拜，由袁世凯暗中布置，阻止随大院君之护卫于营外。大院君入营与吴统领笔谈，即被清军捕捉，扶入肩舆，星夜送到马山浦，登军舰驶返天津。这时李鸿章已回任北洋大臣，遂命将大院君幽闭保定。
吴长庆复命袁世凯率兵入城捕捉东学党，且直扑东学党巢xué，剿平乱事，使韩王复位，并与日人和谈，订立《日韩济物浦条约》，由韩国惩凶、赔款、道歉、日兵保护使馆等。韩事平定后，吴长庆以“治军严肃，调度有方，争先攻剿，尤为奋勇”16字奖语，列袁世凯为首功，咨请李鸿章、张树声会奏请奖。九月初一，袁世凯奉旨以同知用，并赐花翎。
一个人的成功决非偶然，他必需在某些重要关头表现出杰出的成就，然后加上机会。
就袁世凯来说，朝鲜是他施展身手的好地方，也是他飞huáng腾达的起步点。世人以为袁从小站练兵起家，其实如果袁在朝鲜没有杰出的成就，清朝练新兵的责任就不会jiāo给他，他不在小站练兵，光绪和维新党也不会选中他劝王，他没有谭嗣同要他勤王，就无法向荣禄告密而得到慈禧太后的重视，所以朝鲜的成就是袁一生的开始。
关于袁世凯早期在朝鲜的事迹，留传下来的并不多，袁因为“洪宪称帝”变成了“总统叛国”，láng狈地结束了他的生命，使他的一生事迹丑化，所以他没有正式的传，也没有年谱，中文的东西都是骂袁世凯的。袁本身文献最早问世的，是光绪廿四年（1898年）秋石印本的《新建陆军兵略录存》，那是小站练兵时代的东西。到了宣统年间，袁已失势，日人佐藤铁治郎用中文写了一本《袁世凯》，对袁大为揄扬。当时袁的政治环境非常恶劣，这本书徒招人嫉忌，所以袁的长子克定央求日本驻华公使伊集院和日本驻天津总领事小幡酉吉等协助，把这本书全部购买，予以烧毁，不使其流传。可是袁家又觉得袁早年的事迹也应该适度地加以公开，因此刊出了一本《容庵弟子记》。这本书中记袁在朝鲜的情形很详尽，当然其中过于渲染，可是也多少有真实的资料价值。对于袁在朝鲜治军的情形，特摘录几段于下，以见袁少年时代治军严明：
“七月（光绪八年）偕水师统领丁公汝昌率各船团回防济师，复偕丁公先赴韩境沿海一带汤杉板探查陆兵下岸处，中途cháo退舟胶于滩，公（袁世凯）及丁公赤足履砂石行里许，迨登岸两足皆破裂。丁公笑曰：绔绔少年亦能若是耶？
部将多吴公（吴长庆）旧侣，素骄纵，复多谗阻，公（袁世凯）因曰：禁骚扰不难，得帅信非易耳。吴公默然。逾日滋扰愈甚，公入帐请吴公出外，仰观山坡，遗物堆集。
吴公问何物？公曰兵丁掠民间什物，其粗劣者委弃于道也。又曰王师戡乱，纪律若斯，贻笑藩封，玷rǔ国体，帅其勉旃，我请从此辞矣。吴公大惊变色，誓曰：请汝放手为我约束，有听谗谤者，非吴氏之子孙。公乃传令各营，有入民居及杂伍者斩。适有犯令者，立斩数人传示。有韩绅控jian戕其妇者，公徒步往查，亲督搜捕，竟日夜不食，卒获手刃之，厚恤韩绅家。滋扰稍敛，然仍未绝。
有武弁凌rǔ韩人，公执，将戮之。吴公亲造公室，乞贷一死，坐久不去。公故以案上图书请吴公阅，潜出斩之，入而请罪。吴公大笑曰：执法固应若是。吴公戚属有在军者，吴公常戒以汝勿犯法，袁某不汝恕也。有营役入民家食鸦片者，公执而诛之。诸役纠五百余人，咸称有瘾罢工，请资遗内渡，将见公，公戒卫卒多备刀索，至则缚而诛之，诸役旋散去。吴公闻之谓公曰：果能尽杀之乎？公曰惟田横之徒能同死，乌可律诸役，示怯必来，示威必散，果来拟尽缚之，按名讯问，认瘾者立诛，不认者释之，不过戮一二人，余皆不必认矣。吴公叹服曰：真应变良材也。”
从这几段叙述，可以看出袁治军的严厉，虽然过于张狂跋扈，可是对于散漫的清军却是应该的。
清军在朝鲜平乱后，吴长庆即奉命留驻朝鲜，成立驻守朝鲜的清军司令部。在这个司令部里，吴长庆是最高统帅。他有文武两大幕僚，武的就是袁世凯，这时袁的年纪不过24岁，可是吴长庆所有的军事事务莫不由袁作主，等于是今天的参谋长地位；文的事务则由南通状元张謇（季直）作主，等于今天的秘书长地位。
朝鲜壬午之乱后，朝鲜王李熙惩前毖后，立意维新。这时朝鲜的一切，全隶属于清朝北洋大臣，李熙获得北洋大臣李鸿章的同意，聘请德人穆麟德为总税务司，聘请清朝的中书马建常为外jiāo顾问，同时拟请袁世凯为军事顾问，负责整军练兵。这时清军在韩并不驻扎在京城，而是扎营下都监，李熙乃亲自到清营拜访吴长庆，求偕袁世凯。吴不答应，韩王再三恳求，最后吴长庆只答应袁替朝鲜兼练新军。自此袁世凯不仅是驻韩清军的参谋长，同时还负责朝鲜新军的编练工作。
袁接受了朝鲜国王李熙的要求后，于是按照清军的规格草订制度，编选壮丁，又鉴于王室地位的孱弱，所以先建立国王的亲卫军，其次则组织镇抚军，以加qiáng政府的地位。
李熙对于袁世凯的一切施为极感满意，他敦请袁移居朝鲜的三军府居住，以便就近指挥和督练韩军。
壬午之乱，李熙的宠妃闵氏逃匿族人闵应植家，当时大家都以为闵妃已死，宫内并为闵妃发丧，后来乱平后闵妃才出来，韩王亲往迎迓，并宣告全国废除以前的丧告。闵妃是个险鸷弄权的女人，她美貌多才，李熙很怕她，也信任她。为了闵妃，李熙甘愿和自己的亲生父亲反目，也正因此才闹出壬午事变的大乱子，李熙父亲大院君被清军送至保定拘禁，可是李熙依然把一切大权都jiāo付给闵妃，于是闵妃再度专政。
闵妃专政后，她的哥哥闵詠骏便担任首相，一切大权都落在闵妃兄弟手中。
清朝被迫在朝鲜抵抗日本的压迫时，同时也在越南抵抗法国人的进攻。朝鲜和越南都是中国的藩属，可是大清帝国逐渐无力维护它的宗主权了，越南的中法军队已兵戎相见了两三年。因此，当光绪十年（1884年），中国和法国在越南争斗已达巅峰时，清朝不得不作紧急的应变准备，集中能够作战的军队以及能够作战的老将，于是驻韩军统帅吴长庆便由朝鲜召回，用以担任防守辽东的重任，朝鲜的军务分别jiāo给三个将领负责，由袁世凯接统“庆字营”，其余二将是提督吴兆有和总兵张光前。
在这期间，日本在朝鲜得寸进尺，拼命培植亲日武装力量，替朝鲜训练一部分新军，于是朝鲜便分为两大力量：一部分是原来亲日的闵妃和她家族，这时却和袁世凯极接近，变成了朝鲜内部的亲清派；一部分是“开化党”，以洪英植，朴泳孝等为首的亲日派；还有一小部分亲俄，以韩圭稷、李祖渊、赵定熙为首。
光绪十年（1884年）十月十五日洪英植、朴泳孝等发动政变，拟先将清军高级将领一网打尽，借朝鲜邮政总局落成典礼，假邮政局设筵宴请袁吴张三将，打算即席扑杀。