7月21日蔡率幕僚数人，轻车简从，首途赴成都，在途中接到湖南耆宿父老敦请他督湘的电报，他分别回电辞谢。8月1日蔡锷入成都，抱病就任四川督军，成都人民额手称庆。这时的成都，因为兵连祸结，人心浮动，物价飞涨，币制不稳，蔡接事后，物价立即回跌，钞票价值上涨。川中有五老七贤不远数百里赶来成都，愿任顾问。8月3日蔡电保周道刚为川军第一师师长，熊克武以师长兼重庆镇守使，刘存厚以师长兼川边镇守使，尹昌衡为政务厅长。蔡锷抵达成都后，他的本意只是象征式接受任命，加以他的喉病和肺病都日益严重，乃于8月5日致电北京段祺瑞总理，电云：
“川为繁剧区域，非孱弱病躯所能胜任。况锷于起义之初，曾声言于朋辈，一俟大局略定，即当幡然引退，以从事实业；今如食言，神明内疚，殊难自安。伏请代陈大总统俯鉴微忱，立予任命，抑或以罗佩金暂行护理。”
8月7日黎元洪准予辞职。8月9日由蒋方震（百里）陪同，启程离川。动身之前特为文告别四川父老。文云：
“锷履蜀士凡七阅月矣。曩者驰驱戎马，不获与邦人诸友以礼相见，而又多所惊扰，于我心有戚戚焉。顾邦人诸友曾不我责，而又深情笃挚，通悃款于jiāo绥之后，动讴歌于受命之余，人孰无情，厚我如斯，锷知感矣。是以病未能兴，犹舁舆入蓉，冀得当以报蜀，不自知其不可也。乃者视事浃旬，百政棼如，环顾衙斋，森肃宾从，案牍药炉茶鼎，杂然并陈，目眩神摇，甚矣其惫，继此以往，不引疾则卧治耳。虽然蜀患深矣，扶衰救弊，方将夙兴夜寐，胼手胝足之不暇，而顾隐情惜己，苟偷食息，使百事堕坏于冥冥，则所谓报蜀之志不其谬欤？去固负蜀，留且误蜀，与其误也宁负。倘以邦人诸友之灵，若药瞑眩，吾疾遂瘳，则他日又将以报蜀者补今日负蜀之过，亦安其不可？锷行矣！幸谢邦人，勉佐后贤，共济艰难。锷也一苇东航，日日俯视江水，共证此心，虽谓锷犹未去蜀可也。”
蔡由成都启程，先至重庆，稍作逗留，然后换乘轮船下驶，他到宜昌时，会见了从四川退出的陈宦，这时陈已辞去湖南督军，并把他所率领相当于一个师的军队解散。蔡、陈本是好友，于今把臂旅途，相见甚欢。蔡邀陈同轮赴汉口，陈感觉到和蔡同行，一荣一rǔ，实在没趣，因此婉言谢绝。
蔡由宜昌乘大元商轮于8月26日抵达汉口，湖北督军王占元派楚信、楚义等巡防舰驶往武昌上游迎迓，各机关、各团体欢迎人群分乘小轮在江gān把大元轮围在垓心。王占元希望蔡能在武汉多停留几日，蔡则坚决辞谢，于是王便在楚材舰上大张筵宴，盛大款待蔡和他的随行人员。蔡并未登岸，当天晚上就换乘江裕轮继续下驶。
8月28日蔡抵达上海，下榻哈同花园，他不愿人们把他当成一个伟大人物来欢迎，因此他设法把自己隐密起来，仅到梁启超的礼庐一行，师生二人把臂欢谈，相对欷歔。
段祺瑞电请梁启超转劝蔡到北京西山疗养，不必远渡日本，蔡没有忘记以前袁召他去北京，便成为政治俘虏的往事，因此他推托说：北京繁嚣，不适宜于养病。
9月8日蔡由上海启程赴日本。抵神户时，日本记者群趋访问，蔡以手指喉，不能作答，由蒋方震代为接谈，蒋说：“将军之病，由于袁世凯而起，纳溪之战，将军语言艰涩，到沪州时全然不能发音，七月廿日由叙府赴成都，勾留九天，病情更加转剧。黎、段劝将军移居北京西山静养，将军以不能杜门谢客为虑，所以决计来贵国就医。”
蔡的喉疾和肺病，因拖延过久，抵达日本后已是病入膏肓，群医束手，药石无效。
11月8日，蔡自知不起，由左右扶起看窗外飞机，黯然对好友蒋方震说：“我是不行了，我不能死于对外作战的疆场上，真是死不瞑目，我死后有一事想拜托兄。”蒋问是何事？蔡已无气无力，喘息地说：“千万薄葬，让我九泉无憾！”蔡回到病榻，即请蒋方震代笔遗电：
一、愿我人民、政府协力一心，采有希望之积极政策；二、意见多由于争权利，愿为民望者，以道德爱国；三、在川阵亡及出力人员，恳饬罗、戴两君核实呈请恤奖，以昭奖励；四、锷以短命，未克尽力民国，应行薄葬。
就是这一天，这位一代伟人，视富贵如浮云，功成而不居的护国元勋蔡锷将军与世永诀了。他离开这个世界时，年仅35岁。
蔡去世后，举国震悼，万里雨泣。
黎元洪大总统于11月10日、11月28日、12月4日、12月21日四次以大总统命令褒扬和国葬。
蔡锷之丧，全国唁祭，其祭辞和挽联均有可传者，摘抄数则挽联于下：
孙中山先生：平生慷慨班都护；
万里间关马伏波。
梁启超：知所恶有甚于死者；
非夫人之恸而谁为？
康有为：微君之躬，今为洪宪之世矣；
思子之故，怕闻鼙鼓之声来！
唐继尧：所至以整军保民为要图，众论之归，大将慈祥曹武惠；平时惟读书致用相敦勖，公言不死，秀才忧乐范希文。
丁怀瑾：成不居首功，败不作亡命，誓师二语，何等光明，故一旅突兴再造共和；下无逞意见，上无争利权，遗书数言，如斯深切，问举国朝野奚慰英灵？
在所有挽联中，杨度的一联最引人注意，杨度的挽联是：
魂魄异乡归，于今豪杰为神，万里河山皆雨泣；东南民力尽，太息疮痍满目，当时成败已沧桑。
杨度是楹联圣手，他一生可传的挽联甚多，可是他挽蔡的这副挽联，并不高明，这是因为两人政见立场相对立的缘故，所以他的下联可说完全是对蔡的成就唱反调。
至于小凤仙的挽联则是在庄严肃穆的伟人事迹中的一段小插曲，小凤仙的挽联和祭文都是衡州狂士王血痕所代撰。小凤仙的两副挽联，当时传遍都下，第一联是：
不幸周郎竟短命；
早知李靖是英雄！
第二联是：
万里南天鹏翼，直上扶摇，那堪忧患余生，萍水姻缘成一梦；几年北地胭脂，自悲沦落，赢得美人知己，桃花颜色亦千秋。
蒋方震在蔡死后，由日本拍电回国，电文说：
“一年以来，公恶衣菲食以戕其身，早作夜息以伤其神。临终之际，犹以未能裹尸为恨。然蔡公身虽未死于疆场，实与阵亡者一例也。”
蔡的好友丁怀瑾用行动来怀念蔡的遗志——功成不居，长揖归田。蔡东渡前，丁任四川富顺县长，闻蔡噩耗即辞去县篆，闭门著书，常以蔡的人格和抱负勉励其家人子女，他称道蔡是真正开天辟地的人物。古人说名满天下，谤亦随之，可是蔡却打破了此例，他的成败生死，不论是友是敌，是新是旧，莫不对他由衷称道，理由很简单：蔡以天下为己任，却不以天下为己。
北洋军阀史话
一○一、府院不和黎段水火
黎元洪的一生，是幸运也是不幸，他在辛亥起义时糊涂地做了民国元勋，又在袁世凯称帝失败后，莫名其妙地坐上了总统宝座。袁世凯在做民国总统时，感觉到做得很不舒服，因此逐渐产生了总统不如皇帝的错误观念，一念之差演成“洪宪称帝”的悲剧。