另一方面他打算许张勋以督理江苏军务，以换取张对袁自己的拥戴，拟调冯国璋为征滇总司令或内阁总理，并准备向西南护国军再度发动全面攻势。
南京会议于5月18日开第一次会，出席南京会议的17省代表名单是：江西何恩溥、程用杰，山西崔廷献、李骏，山东孙家林、丁世峄，河南毕太昌、叶济，奉天赵锡福、王恩洪，吉林张恕、戴艺简，黑龙江李景林，湖南陈裔时，湖北冯煦、杨文恺，福建贾文祥，上海赵禅、王滨，直隶吴焘、刘锡钧，热河夏东骁，察哈尔何元chūn，绥远熊开先，徐州万绳栻，蚌埠裴景福。19日开第二次会议，20日第三次，21日开第四次，至22日第五次会议因无结果散会。在会议中各省表示之意见，大略如下：
江西：对于中央，心有余而力不足，如主战，须请中央助兵一师。
河南：可出一旅。
山西：无力帮助邻省，财政亦无余力。
山东：兵力在外jiāo上已有应接不暇之势，即外jiāo平定，亦无力外出。财政上须借债，方能生活。兵力南部尤须请倪、张帮助。
奉天：他省有事，可出兵两万。
热河：诸事从诸君子之后。
吉林：拟仍召集旧议员，解决总统问题。并断言东三省因外jiāo上无余力出兵。如外患上用兵，可出两千。财政樽节，可余十万。
察哈尔：无力，仗赖中央接济。
绥远：无力，地势上亦不济急。
黑龙江：无余力。
湖南：为cháo流所激，兵力亦不能支，请速设法以挽大局。
湖北：（一）保持总统现有地位，以待国会解决。并要求会议如何从速召集。（二）滇事起后所成之军队，如何解散？（三）军队退还原驻地时，可否不令他人进bī。（四）将来退兵，皆由武汉经过，难保不有元年之变，谁能担任？本省兵力虽有余，因党人注视之点，亦无余力外出。财政更无余力，三月后可出兵四千。
福建：拥护中央，从三君子之后，仍以国会解决总统问题。
上海：地位与各省不同，以冯将军为主体。
直隶：从三将军主张，如山东无事，可出兵一千五百人。
海军总长代表以总统非国会选出者不承认。
宁夏：服从命令。
安徽：热心拥护中央。
以上是五次会议的综合情况，至于五次会议的经过是这样的：
在第一天，山东代表丁世峄提出袁必须退位的建议，这当然是得到冯暗中支持的。
丁世峄是辛亥年首先在山东策动独立的人，筹安会成立前，他曾密呈袁主张改行帝制。
湖南代表陈裔时附和丁的建议，各省代表也没有反对，看起来，袁退位问题在南京会议第一次会议中已占了极大的优势。不料当天晚上形势为之一变，倪嗣冲带了三营卫队赶来南京，倪本来已派了裴景福为代表出席南京会议，他率领卫队来开会，显然是奉了袁的密令来监视会议的。
倪嗣冲抵京后，5月19日参加了第二次会议，他首先发言，主张维持袁的总统地位。
丁世峄站起来反对倪的意见，湖南代表陈裔时、湖北代表冯煦、江西代表何恩溥先后发言，附和丁的意见。倪气汹汹地问丁说：“你是不是靳将军的代表（这时靳尚未被撤职）？
靳将军是拥护中央的，你为什么私通南方？”陈裔时代丁解释说：“不是不拥护中央，而是君子爱人以德，也是为了袁大总统。”冯煦、何恩溥也随声附和说：“主张退位并不等于反对袁总统，而是为袁总统设想。”倪听了脸也气红了，担任主席的冯国璋一看局面紧张，赶快把话拉开，把会议主题列入“能战始能言和”问题上。
张勋的代表万绳栻先一天没有表示意见，这一天却完全支持倪的意见，反对袁退位，因此其他的代表遂不敢对此问题发言，于是会议中对于袁退位问题便作不出结论。至于备战问题，倪与万绳栻询问各省能出多少兵？山东、江西和两湖代表都不则声，同样也作不出决定来。
5月20日南京会议举行第三次会议，冯国璋首先声明：“关于退位问题，本会无权表决，应召集国会来讨论决定。”与会代表一致同意，可是又提不出召集国会的办法。
5月21日的第四次会议和22日的第五次会议经过了一再磋商，才决定了丁世峄的提案，且为冯国璋所赞同的办法，通电邀清西南独立五省代表参加南京会议，解决总统问题。
倪嗣冲对于和西南五省代表共坐一桌开会讨论是完全不赞成。同时，张勋一心想取得督理江苏军务，内心亟愿把冯赶走，因此便和倪采取同一态度——张、倪联合起来反对冯。
南京会议结束后，冯、张、倪联各发表通电云：
“云南唐蓂赓先生、贵州刘如舟先生、广东龙子诚先生、南宁陆gān卿先生、杭州吕戴之先生鉴：华密。天祸中国，自启内讧，战端一开，造成浩劫。已经独立各省，困于杼柚，扰于兵戎，人民何辜，惨遭荼毒。其未独立各省，亦复惧祸无日，望治无期。风鹤频惊，难安启处。同舟相敌，嫌衅日深。夫以我国介列qiáng之间，承积弱之敝，整齐固结，犹虑不遑，岂堪一再摧残，重伤元气。无如举事者之初意，本出于爱国热忱，而现政府之转圜，亦抱定息争主旨，徒以意见隔阂，不能融洽贯通，遂尔背道分驰，乖离愈甚。虽彼此久已停战，而解决尚属空言。军队有枕戈坐甲之劳，商旅有裹足柅车之戒；百业停滞，众议沸腾，内部分攘，国将不国。长此因循不断，险象且百倍今兹。悲我者利用时机，已抉藩篱，而进窥堂奥，骎骎见bī，应付几穷。倘不审度国情，速筹正当办法，惟知谬执己见，日以语言文字相诘难，窃恐辩论方无已时，而主宰之权已不属诸我国人之手。方念及此，心骨皆寒。勋、国璋、嗣冲忝荷仔肩，安危与共，值此存亡呼吸，何容坐视沦胥。昨经电约十五省将军、巡按使，遣派全权代表，到宁迭次开会讨论，佥谓今日时局，当以救亡为前提，顾非统一，则无以救亡，非联合，则难期统一。第推测外界之情形，轸念人民之苦痛，联合统一之道，自以和平为先。至于总统问题，关系国家存亡，既非五省片面所能主张，亦未便以十五省之心理为依据，亟宜研究妥善办法，以救危亡。今拟定南京为集议地点，由五省选派政治法律专家为全权代表，或五省共派数人，或每省各派一二人，订期来宁，与十七省代表共同研究，议决实行。勋等讨论告终，业已全体一致，欲挽目前之倾覆，宜视事实为转移。五省果具同情，当不坚持异议。
中央宣言救国，尤必曲谅苦衷，并力图存。时乎不再，用特通电布闻。接电后请迅速电复，并派定代表来宁，曷胜翘企。张勋、冯国璋、倪嗣冲。”
张勋并以个人名义发表通电云：
“据敝处代表回徐报告，此次江宁之会，冯上将军于第一次会议提出三项问题；第二次会议时，业经各代表依次宣言，知各省军民长官，多数皆以拥护中央，保存元首为宗旨，是退位问题，已属无可讨论。且由冯上将军主张，欲求乎和，非先以武力为准备不可；所有应奋军旅饷项，并经各代表预先分别担任，冯上将军并以前敌自认。敌忾同仇，可钦可敬。惟湖南代表有爱人以德之言，迨经倪将军详言辩诘，则亦无词置对。足见公论所在，断非个人私见所能违拗。不意第四次会议时，鲁、湘、鄂、赣诸代表，竟于议案范围以外轻遽发言，或以外人bī胁为言；或以用兵困难为说，辗转波折，故甚其辞，几将前经公决议定铁案，一概抹煞，重行讨论。显见受人播弄，暗中串合，故与南方诸省同其声调，必非该本长官所授本意。况靳、汤、王、李诸将军，公忠体国，威信久孚，或军当困难，百折不回；或地处冲繁，一心为国。勋处屡接来电，莫不慷慨淋漓，令人起敬；而该代表竟敢擅违命意，妄逞言锋，实属害群之马，允当鸣鼓而攻。虽现在电致南方各省，令派代表到宁与议，复电能否依从，尚难遽定。而我方内容，则不可不加整饬，以求一致。诚以退位问题，关系存亡，非特总统人才难于胜任，即以外jiāo、军政、财政而论，险象尤难罄述，如果国本轻摇，必沦胥俱尽；即使南方各省，果派代表到宁与议，亦当一意坚持，推诚相告，必不见听，即以兵戒。倘内容不饰，先馁其词，则国家之亡，有可立待。用此通电布告，愿我同胞，共相砥砺。设有非议此旨者，即以公敌视之可也！临电迫切，无暇择言。勋。有。”