过了几天，朱瑞仍然穿了袁所赐狐皮袍子和马褂到总统府向总统辞行，到了总统府后，气象为之一变，三步一哨，五步一岗，戒备严密，像在进行大典一样。朱走进了居仁堂，那儿也站满了全身披挂的武装士兵，袁世凯穿了一套金边耀眼的大元帅服，巍然高坐，还没待朱开口，袁便声色俱厉地告诫了朱一场，什么“军人不可无纪律”，“军人应以服从为天职”。这一番话完全是长官训斥部下的口吻，朱在下面所了，吓得一个字也说不出，头也不敢抬起来，浑身淌着大汗，内衣内裤都湿透了。
朱这次在北京，就只见了袁两次，两次的见面彻底相反，弄得朱如同丈二金刚，摸不着头脑。
袁惯会做戏以玩弄他的部下，“怀之以德，然后临之以威”，使得他的部下很吃他这一套手法。
和朱瑞采取中立立场的，还有云南都督蔡锷。
袁于民国2年9月25日下了一道命令：“蔡锷准给病假三月，着来京调养。调唐继尧署理云南都督。派刘显世为贵州护军使。”
蔡锷于10月10日把都督印信jiāo由军长谢汝翼代管，没有和任何人告别，悄悄地离开了美丽而四季如chūn的昆明。民政长罗佩金也随他离滇。本来袁对云南有鞭长莫及之苦，现在袁军事上已膨胀至长江以南，声势上已统一了全国，因此就不把云南放在眼中，所以他用给假三月来调蔡锷入京。
蔡锷到了北京，袁依样葫芦，用对付朱瑞那套戏法来对付蔡。可是蔡锷不是朱瑞，他有胆有识，头脑又冷静，意志又坚qiáng，因此袁的戏法在蔡身上完全不发生作用，袁真的也好，假的也好，蔡根本完全置之不理。袁拿这个“宝古老”（湖南人称宝庆人为宝古老）没有办法，深感难于对付，因此不放他离京，并且派密探监视蔡的一举一动。
袁本来有一个计划下蔡的毒手，制造了一份假情报，诬蔑蔡在云南计划脱离中国版图，另建一国，自封为“大汉王”。袁在这个假情报上亲批“应查”两个字归档。这个举动是寓有深意的，因为他发觉蔡是个长于治军而严肃不苟的人，很想争取蔡为心腹gān部，如果蔡在云南抗命不jiāo出都督大印，或是不就范听话，他便随时可以抽出这件档案来加蔡一个叛国罪名，这就是所谓“不用则杀”的办法。
蔡在北京期间，袁派为陆军部编译处副总裁，总裁是段祺瑞。11月奉派与李经羲、梁敦彦、樊增祥、宝熙、马良、杨度、赵惟熙等组织政治会议，李经羲为会长，又和阎锡山、张绍曾、尹昌衡、蒋方震等11人组织军事研究会。
当国民党二次革命失败后，有一件政治秘密，除了极少数袁的亲信外，是很少有人知道的。原来袁在对南方用兵前，就决定要逐步进行“废省改道”的计划。这个计划是废除省一级，而以省以下的道（一省可以分为几个道）为地方行政的最高单位。道设道尹管理民政，又设镇守使管理军政。这个计划准备先在几个省区实行，然后全面推广，达到全国废省改道的目的。为什么他要决定这样一个缩小行政区域的计划呢？他是为了避免藩镇之祸。他在用兵初期，就不露声色地进行这个计划，他任命李纯为江西护军使、王占元为湖南护军使、张勋为江北镇抚使、倪嗣冲为皖北镇守使、龙济光为广东镇守使。
这一连串的人事命令中没有一个都督名义，他初意在这些地区都不设立都督。此外黑龙江只有护军使朱庆澜，后来贵州都督唐继尧调任云南都督后，也只提升刘显世为贵州护军使而不给以都督名义，福建都督刘冠雄调任海军总长后，就派李厚基以镇守使名义统率该省军队，这三省不设都督，就是先废都督以达到第二步废省设道的目的。
可是，袁这个计划对北洋系军人来说，是遭受到彻底反对的。他们过去“只知有袁宫保，而不知有大清朝”，后来“只知有袁大总统，而不知有民国”，他们所以如此，是为了“水涨船高”，“大哥做皇帝，把弟是一字并肩王”，袁利用他们打天下，他们则利用袁作为个人取得功名富贵的桥梁。
在对南方用兵开始时，就有人劝袁对废省废督问题不应操之过急，因为可能影响到前方将领的士气。袁自然更懂得这个道理。待到南方军事胜利后，又有人劝他不能执行这个计划，因为统一的局面还不够稳定，如果使到北洋军将领情绪低落，岂不是给了国民党重振旗鼓的大好机会，因为这一个做法是降低北洋军人的地位和削减他们权力，在天下未彻底稳定以前，是需要从长计议的。于是这个计划便无限期地拖延下去了。
秘密逐渐泄漏了，慢慢地传到北洋系军人耳中，他们开始对他们的“老头子”不满了，于是大家都抓紧了自己的军队，并且在大圈圈中（北洋系）制造小圈圈（后来的安福系、奉系、直系、皖系等等）。凡是牵涉到有关利害权位问题时，他们对袁并不完全服从，同时采取qiáng硬的态度，如张勋调离南京时提出条件就是一个例子。
袁在赣宁之役战胜国民党后，表面上他是统一了中国，军事力量由北方达到了南方，可是也就是从此开始，北洋军系已不是可以称心如意，由他摆布。他在外形上好像是威望提高了，其实他的控制力却相对地减弱了。
北洋军阀史话
五十三、蹂躏民主
当民国2年正式国会尚未成立前，各政党对于宪法起草问题意见颇不一致，大别之有三派：第一派是国民党的主张，认为宪法的起草和制定，是国家主权攸关，当然是国会的职责。依《约法》的规定，国会成立后，应由国会选出起草委员编定，经参众两院议决。第二派是梁启超等所倡导，而为当时十八省都督及共和党、统一党、民主党所赞成，此派主张由政府组织宪法起草机关，以现在临时参议院、各省都督、各政党和总统府所派的委员编定宪法，提jiāo国会议决；第三派为袁系的主张，认为现时政党意见不一，政府设法由大总统直颁宪法起草命令，布告全国，以免政争。正式国会成立后，由于国民党在参众两院都获得压倒的多数，因此，国民党主张便获得胜利，两院选出了宪法起草委员，成立宪法起草委员会。在这个委员会中，国民党的委员占了大多数。
当宪法起草在进行中，袁世凯对于行将制定的正式宪法最引为深虑的是两个问题：
一是大总统任命国务员有没有必需获国会同意的必要；二是大总统有没有解散国会的权力。袁认为过去一年多的经验，内阁曾三次改组，每一阁员的任命胥经国会同意，议员则多方留难，因此，袁认为正式宪法中，应该取消国会同意任免阁员权和总统有解散国会权。
袁的这两个问题自然遭到国民党的宪法起草委员的猛烈抨击，这时恰遇到二次革命，袁政府和宪法起草委员会乃发生更尖锐的冲突。2年8月中旬，起草委员徐秀钧首被逮捕，并被解往九江枪决。8月27日政府复捕去国民党籍之参议员朱念祖、高荫藻、张我华、赵世钰、丁象谦等五人，和众议员常恒芳、褚辅成、刘恩格等三人。内中张我华、赵世钰、褚辅成、刘恩格四人为宪草委员。其后褚辅成、朱念祖被解往宿县，常恒芳解往安庆，赵世钰等五人羁押于天津，至国会解散后始获释。褚辅成和朱念祖在袁死后，国会复活才与常恒芳同时出狱。袁解散国会后，更有徐镜心被杀于北京，段世恒死于陕西。这是一页非常痛心而悲壮的民主奋斗血泪史，袁世凯为了议员们不听从他的意见，而采取的bào行中，统计宪法起草委员被杀的有三人，被捕的有四人，实在是我国立法史上最惨的一幕。