双方jiāo战。刘裕军士乘风纵火，尽锐争先，不要命地冲杀而来。桓玄军大溃，烧辎重连夜逃遁。桓玄部将郭铨、殷仲文相继投降。
桓玄逃返江陵，其将冯该劝他出城复战。桓玄破胆，不从，欲出汉川，投奔梁州刺史桓希。混乱之间，桓玄乘马出城门时，在城门dòng被左右兵卫袭击，卫士们混战一团，前后相杀，jiāo横于道，桓玄勉qiáng得命，逃到座船中。
当时，益州刺史毛璩的弟弟毛璠病亡，其孙毛祐之与毛璩参军费悦送丧回江陵，一行有二百多人。桓玄身边的屯骑校尉毛修之是毛璩侄子，眼见大势已去，很想拿桓玄当作立头功的筹码，便劝诱桓玄入蜀。桓玄从之。
这桓玄也是该死。自他称帝后，首倡义旗讨伐他的就是毛璩，危急之时，竟然听信毛氏族人，自己前去送死。
毛修之早已和毛祐之等人打好招呼。桓玄一行人傻乎乎地大张布帆，向益州军船驶来。眼看距离不远，毛祐之令手下人放箭，迎击桓玄。毛修之趁机跳水而逃。矢下如雨，桓玄身边两太监真的很忠勇，以身蔽桓玄，皆被she得像刺猬一样，登时身死。就这样，桓玄仍身中数箭，血流不止。他六岁的小儿子桓升一面哭，一面用小手拔去父亲身上的羽箭。
益州护葬军士中一个叫冯迁的小头目很勇悍，第一个跳到桓玄船头，提刀直前。桓玄忍住巨痛，拔出头上价值连城的玉导，递向冯迁，喝问：“你是何人，敢杀天子！”桓玄本人也是英武能战之人，当时之所以没动手，笔者估计，一是因为有儿子在身边，二是因为已彻底绝望。
冯迁大叫：“我来杀天子之贼耳！”一刀挥至，桓玄头落，时年三十六。同船的桓石康、桓浚均被冯迁杀死。桓升虽是小孩，气度酷肖其父其祖，眼见周围父亲、叔叔、堂兄的人头滚滚，敌人纷纷登船，仍镇静不凡，说：“我是豫章王，诸军勿见杀。”
益州兵将虽bào横，见这么一个粉雕玉琢的小娃娃如此举止，均没敢动手。小孩子后来被送至江陵后，也被刘裕下令斩首于市。
桓谦、桓振方面，仍有安帝兄弟掌握在手中。听闻桓玄死讯，桓振提剑，闯入晋安帝的住处，怒向安帝高叫：“臣一门何负国家，而屠灭若是！”
安帝大傻子，呆望桓振，口不能发一言。倒是其弟司马德文连忙向桓振施礼，说：“此事岂是我兄弟之意！”桓振稍稍怒解。
不久，听闻玉孩儿桓升又被杀于闹市，桓振怒极，又要杀安帝兄弟，为桓谦苦苦谏阻。
桓振是桓温亲侄桓石虔之子。桓石虔小名镇恶，少年时诸将she虎，开玩笑让桓石虔拔箭，小英雄真的从受伤怒跳的猛虎身上亲手拔出数箭。桓温入关伐苻健，桓石虔竟以单骑冲入前秦万人军中，救出被围的叔父桓冲，“三军叹息，威振敌人”。桓振有其父风，果锐敢斗，但bào横无行。眼见桓玄、桓升已死，桓振只得与叔父桓谦重推安帝为主，自为荆州刺史。
由于桓振勇武，刘裕派去的大将鲁宗之被打得大败。不久，刘毅等人击败桓玄将领冯该，桓谦逃走，众人迎安帝反正。
桓振收拾溃军，复袭江陵，败中取胜，竟能大败东晋宗室司马休之（谯王司马尚之弟）。最后，桓振身边仅剩数十人，仍与晋将索邈大战于沙桥。
“（桓）振虽兵少，左右皆力战，每一合，（桓）振辄瞋目奋击，众莫敢当”。估计是内心深知日暮途穷，桓振数战之后，以酒当水，痛饮完毕，又乘醉突阵。晋军齐放箭矢，桓振身中数箭，仍前冲不畏。最后，这位桓家勇将也战死于沙场。
桓谦闻桓振败亡，奔于后秦。后来，他又入蜀，与谯纵等人反晋，为晋将所杀。
桓氏亲族中，只有桓冲之孙桓胤被特赦，徙于新安软禁。但殷仲文等人日后“谋反”，想推立桓胤为桓玄之嗣。事发，桓胤也为晋廷所杀。桓氏一家，烟消云散。
孙恩乱平，桓玄又死，但东晋的国祚，也马上要走到尽头了。
大将出手自不凡（1）
——刘裕平灭南燕
桓玄灭亡后，最大的赢家当属刘裕。
刘裕，字德舆，小名寄奴，彭城人（今江苏徐州）。据史书记载，他是汉高祖刘邦的弟弟刘jiāo的后代，估计也是瞎认祖宗“为尊者讳”。其实，刘裕绝对城市无产者出身，家徒四壁，终日游手好闲，穷得丁当乱响，还特好饮酒赌博。当然，英雄不问出处，等他后来当了开国皇帝，连青年时代的游手好闲、“不事产业”也成了“有大志”的一种表现了。
刘裕的出身，百分百属寒人阶级。此人身躯伟岸，长七尺六寸，“风骨奇特”，无疑有一副冲杀拼命的好身板儿。孙恩乱起，刘裕初显身手，真正是一刀一枪拼出的功名。而且，在众寡悬殊的情况下，刘裕大赌徒的性格毕现，竟敢一冒而起，扳倒本来已经代晋称帝的桓玄，不能不说是魄力至伟之人。
由于迎安帝反正，对晋室有“再造”之功，晋廷封刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。刘裕“固让”。晋廷又“加录尚书事”，刘裕“又不受”，屡请归藩。刘裕愈推让，群臣愈积极，簇拥着安帝亲幸刘裕宅第。“高祖（刘裕）惶惧，诣阙陈请，天子不能夺。是月，旋镇丹徒”。
此时的刘裕，诚惶诚恐想必还不是假装。一是当时刘裕的政治资历较浅，虽新立大功，但仍没有多少可以篡人国家的势力基础。二是桓玄之灭，也使他清楚地看到：冒险称帝是件多么危险的事情。但有一点，刘裕已经很有前辈权臣的风采：移镇京都之外，遥控朝廷。这样做，既保证了自己有军权在手不会被架空，又远离了京城是非之地，可以更加进退裕如，以观时变。
内乱甫定，逃于岭南之地的孙恩妹夫卢循、徐道覆“遣使贡献”，作出服从中央的姿态。由于当时“朝廷新定，未暇征讨”，晋廷便趁势授卢循为广州刺史，以徐道覆为始兴相。卢循为人诡谲，得便宜还卖乖，派人送给刘裕一大篓“益智粽”（意思是指刘裕你缺心眼，应多吃这种粽子益智补脑）。刘裕市井出身，当然明白其中含义，便回赠卢循一大坛“续命汤”中药（意思是先留你一条命让你再多活些时间，等我有空一定去收拾你）。
内政搞得差不多，刘裕在外jiāo方面也取得了空前胜利。他派使臣出使后秦，以平等姿态向姚兴示好，并要求讨还原为东晋领土的南乡诸郡。姚兴大儒出身，竟出人意料地答应jiāo还如许一大片土地。后秦群臣纷纷进谏，姚兴坚持己见：“天下善恶的标准是一样的。刘裕出身寒微，能够诛除桓玄，兴复晋室，内整庶政，外修封疆，对这样的人，我岂能因吝惜数郡之地而不成其千秋美名呢？”于是，后秦尽还汉水以北十二郡给东晋。在互相攻杀的东晋十六国时期，这种“不战而屈人之兵”的天方夜谭般的故事，竟被大英雄刘裕变成了现实。
当时，北燕正遭国变，国主慕容熙被杀，大夏的赫连勃勃和后秦姚兴兵戈相见，互相攻伐得十分厉害。最可恨的当属南燕，新任国主慕容超不知好歹，于东晋安帝义熙五年（409）三月派人发兵进攻东晋淮北的宿豫城，大掠男女士众而去。而南燕这次攻伐东晋的目的，完全与开拓疆土无关，只是因为慕容超喜好音乐。南燕从被掠的数万名晋民中，拣选二千五百名少男少女送入教坊司，qiáng迫这些良家子女学习音乐技能。不久，南燕又有数千铁骑入寇济南，攻城杀人不说，连东晋的太守也被掳走，又掠走一千多名当地士女。