与魏晋世家大族的清谈家最大的不同，王敦本人是个杰出的军事家。在扬州刺史任上，他就运筹帏幄，讨灭反叛的江州刺史华轶。蜀人杜弢作乱，王敦坐镇豫章，指挥得当，由他推荐的陶侃等人大施才华，最终击灭杜弢。由此，王敦得封汉安侯，都督江扬荆湘jiāo广六州诸军事，成为东晋最大的军区司令长官。
根据人性的、历史的必然，有了选置用人的权力，王敦“专擅之迹”渐露，不仅私自擢用杜弢降将杜弘，而且还对据险自固的何钦等人授予四品将军的官职。当然，假如王敦善终，这些小事情均可美称为“将在外君命有所不授”，但兵败身死，史家自然把小事渲染成大事。
王敦与东晋元帝司马睿之间产生嫌隙，起因还真不是王敦自己先有什么不臣之心，而是其堂弟王导在朝中被冷落所致。
司马睿坐稳帝座后，渐渐感觉王家势力过大，毕竟“王与马，共天下”的谚谣都传入自己耳朵里面，不能不有所抑压。特别是司马睿从前做琅琊王时的两个王府旧人刘隗和刁协，也常常以qiáng化皇权为借口，不断怂恿元帝打压王氏等大族势力。“及刘隗用事，（王）导渐见疏远”。
元帝也不太厚道，刚过河就拆桥。王导生性淡然，又深识谦抑之道，默然居守。
王敦居上游之重，又有大功于司马睿，闻知王氏家族诸位人员被排斥，心中自然忿忿，便上书朝廷，为王导报不平。王导在建康先收到这份疏奏，见王敦为自己出头，怕惹出事端，就把这份“报告”封还给王敦。王敦固执，复派人直接送达元帝司马睿。
一般的疏奏估计就由大臣处理，王敦的疏奏当然元帝自己亲自览观。虽然王敦疏中口口声声称“臣非敢苟私亲亲，惟欲忠于社稷”，元帝仍旧不快。他叫来自己的叔辈宗室谯王司马承，示之以王敦的疏奏，抱怨说：“王敦过去虽有功劳，现在的官职足以酬报他了。可他仍旧不断提出过分要求，点评朝政，朕拿他怎么办呢？”
谯王司马承当然顺承元帝之意，叹息说：“陛下您不早下手，王敦必为后患！”
公元320年，元帝太兴三年，湘州刺史一职空缺，王敦又表奏自己的亲信、吴地大族沈充去任湘州刺史之职。刘隗览奏后当然心急，忙劝元帝司马睿不要答应王敦。元帝又找来谯王司马承，对他说：“王敦jian谋渐明，看来想把我当成惠帝那样的摆设了。湘州据上流之势，控三州之会（荆州、兖州、广州），朕想派叔父您去那里，怎么样？”
谯王老成，回言说：“陛下有诏，臣不敢辞。但湘州经杜弢贼军蹂躏，民力官力凋弊，恐怕要经营三年以上的时间才有出兵出力的能力。如果事起仓猝（指有人谋反），恐怕为臣粉身碎骨，也难救大事。”
谯王司马承得诏赴任湘州刺史一职。途经武昌，王敦作为地主，款待这位老王爷。席间，王敦大大咧咧地对司马承说：“大王一直是文雅君子，恐怕非将帅之才。”
司马承五十来岁的老王爷，竟也言谈慷慨，引用汉朝班超的豪言，回答说：“王公您恐怕不了解我，铅刀岂无一割之用？”
王敦闻言冷笑，举觞劝饮。
回到自己的署衙，王敦对亲信钱凤说：“司马承这老匹夫不知害怕恐惧，而学古人壮语，足知其不武，此人无能也！”于是，王敦未对谯王加以阻拦，听任这位“忠有余而才不足”的老王爷去湘州赴任。
王敦的愤怒（2）
晋元帝太兴四年（321）秋，司马睿任命尚书仆she戴渊为征西将军，都督司、兖、豫、并、雍、冀六州诸军事，镇合肥；任刘隗为镇北将军，都督青、徐、幽、平四州诸军事，镇淮yīn。名义上是派此二人防备后赵石勒，实际上是戒防王敦。
刘隗虽外任，元帝仍旧与之谋以大事，成日密书往来，以为谋主。
王敦先君子后小人，派人送信给刘隗，可以算是推心置腹：“圣上信重阁下，今大贼未灭，中原鼎沸，欲与您戮力王室，共静海内。如果大家同心，帝业得以兴隆，否则，天下永无望矣！”
刘隗骄狂小人，回信不逊，表示“鱼相忘于江湖，人相忘于道术”，狂妄至极，惹得王敦大怒，下决心要除掉这位没事尽给元帝出馊主意排挤王氏家族的得志小人。
朝廷方面，元帝表面上对王导升官，加侍中、司空、领中书监，实际上是以虚衔驾空。
御史中丞周嵩上疏，表示“（王）导忠素竭诚，辅成大业，不宜听孤臣之言，惑疑似之说，亏旧往之恩，招将来之祸”。疏奏，元帝也颇有感悟，王导由此也没受进一步的谗害。
东晋草创之际的大内讧（1）
晋元帝永昌元年（322），王敦引兵内向，以诛讨刘隗为名，向建康进军。王敦的心腹沈充立即在吴兴起兵，响应王敦。行至芜湖，王敦又上表，声讨元帝的另一位心腹刁协。
晋元帝览表大怒。他自以为大局在握，马上下诏：
“王敦恃宠生骄，敢肆狂逆，疏言无礼，意在幽囚朕躬。是可忍也，孰不可忍！今亲率六军以诛大逆！”
恐怕谯王司马承在湘州举兵扰乱后院，王敦派人去说服这位老王爷。
司马承对元帝忠心耿耿，叹息道：“吾其死矣！地荒民寡，势孤援绝，将何以济！然死得忠义，夫复何求！”一口回绝了王敦。见谯王不从，王敦就派自己的表弟——南蛮校尉魏义率两万jīng兵进攻长沙。
元帝忙招戴渊、刘隗回军，入卫建康都城。
刘隗喜见王敦举兵，刚入建康，当着文武百官的面，意气自若，洋洋大言，表示要一举消灭王敦。入见元帝，他又与刁协一起劝说元帝尽诛王氏全族。“帝不许，（刘）隗始有惧色”。
王敦起兵痛快。最倒霉的要数留在建康城内的王导。要知道，造反谋逆，最起码是要诛三族的大罪。王导是王敦的堂弟，惴惴之情，自不待言。这位大名士天天带着王邃、王彬、王侃等在朝廷任职的王氏宗族二十多人，跪在宫门外待罪。
一边是王敦兴大兵直杀建康，一边是王导素服待罪，晋元帝司马睿还真不知如何处理。
尚书左仆she周剀入宫面君，跪于门下的王导高声哀求：“伯仁（周剀字），我以宗族百口托付您！”
周剀没有搭理王导，“直入不顾”。
入宫后，周剀向元帝盛称王导忠诚，深加求护。这位周伯仁真是中国历史上罕有的大好人，如果换了别的文士出身的大臣，肯定对王导满脸悲悯，拍着胸脯大言要搭救“老同事”，入宫后，又会百分百自告奋勇充当抄家先锋，不劝皇帝杀掉王氏九族才怪。
周剀大名士，喜饮酒。与元帝商议好政事后，于宫中痛饮，尽醉而出。
王导一行人还在门外长跪。见周剀晃晃悠悠出宫，又膝行而前，大呼求救。周剀仍旧不搭理王导，醉乎乎对左右从人讲：“今年看我杀取诸贼，取斗大金印系肘后！”
回家后，稍待酒醒，周剀又亲自上表元帝，“明（王）导无罪，言甚切至。”