7月，燕军大集合，于浦子口向明军发起攻击。明将盛庸与诸将逆战，竟也击退燕军，又赢得一次暂时的胜利。
“燕王欲且议和北还”。估计天气溽热，朱棣自己也有些顶不住，毕竟已得到一半国家，想先回北平休整一下再图后举。假如此次朱棣回北平，后来的事情还真难以预料。大胜大败，谁也说不清楚，况且建文嫡孙嗣位，正朔所宗，军心民心，道德的力量无比巨大，会在一夜之间可能突然令燕军兵败如山倒。
节骨眼上，朱棣能战惯战的儿子朱高煦“引北骑至”，生力军又来，不由不使朱棣大喜过望，他一跃而起，全身贯甲，抚着朱高煦后背说：“勉之！世子多疾。”言外之意上要把继承权传给朱高煦。有这一句话，朱高煦活人被打qiáng心针一样，铁了心死战。
建文帝本来派都督佥事陈喧率军增援盛庸，不料陈喧径直坐船过江投降了朱棣。
于是，“燕王乃祭大江之神，誓师渡江，舳舻相衔，旌旗蔽空，金鼓大震。”加上当日天气万里无云，水平如镜，虽然盛庸水军沿江列舰二百余里，但看见燕军如此盛势，“皆大惊愕”。仗未开打，心理上已经输掉。
燕军乘船迫岸，首先直冲盛庸主营。“（盛）庸师溃，追奔数十里。（盛）庸单骑遁，余将士皆解甲降。”明军舟师如此之众，竟不战而降，至此可见燕军的兵威已经非同一般。（盛庸逃跑后，朱棣不久即攻下金陵称帝。盛庸以余众降，守命驻守淮安。不久，建文帝的兵部尚书铁铉被擒获，朱棣马上命盛庸退休。很快，朱棣就派人诬告盛庸“怨望有异图”，盛庸自杀。朱棣起兵后屡战屡捷，但多次败在盛庸和平安两将之手，因此一直记恨在心。）
抢渡长江后，燕军又攻下镇江咽喉要地，直奔金陵杀来。
当时，本来凤阳还有留守军队数万，但守将认为中都不能轻弃，死心眼固守中都。驸马梅殷在淮安也有数万兵，也因消息隔绝，不知所为。
建文帝“甚忧郁，徘徊殿庭间，召方孝孺问计。”
方孝孺只是一大儒，兵事根本非其所长。他只能在朝班上抓住李景隆，说：“坏陛下事者，此贼也。”请建文帝下令杀掉他。群臣班中共冲出十八人，也都咬牙切齿，愤怒之下，争相上去拳打脚踢，差点把李景隆当众打死。
把李景隆bào打一顿，火气稍消，方孝孺出主意说：“城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足。应把城外居民尽驱入城，并把城外木材全部抢运入城，使得燕兵无攻城之具，日久就会自行撤离。”
“帝从之”。这一来，盛暑季节，老百姓毒日头下搬运巨木，饥渴劳苦，死者无数。大家为躲避拆毁自家房屋后运送房梁入城的苦差，许多人自己纵火烧屋，大火连日不息。
“屋漏偏遭连夜雨，船漏又遭顶头风。”好好的金陵城，东北角和西南角又无故崩塌，朝廷下忙派兵民抢修，怨天愁地，上下官民都昼夜不得休息。
惶急无计之下，建文帝一拨又一拨地派李景隆和诸位王爷出城，乞求燕王朱棣退兵，答应割地中分天下。朱棣咬定只要“得jian臣”，诸王也个个碰了软钉子而回。
“帝会群臣恸哭”。有人劝建文帝逃往蜀地，有人劝逃往浙江，有人劝逃往湖湘，意见纷纷，莫知所之。最早立议削藩的齐秦、huáng子澄都早先出外“募兵”，建文帝一筹莫展，天天长吁短叹，恨恨道：“事出汝辈，而今皆弃我去乎！”
燕王朱棣害怕四方勤王兵至，便派军队诸将日夜研究攻城计略，想尽快结束战斗。哨探侦知金川门是李景隆把守，朱棣便率先派军攻打。燕军一到，李景隆与谷王朱（左木右惠）马上大开城门投降。以兵部尚书茹瑺为首的数十个望风使舵的建文帝臣子也都纷纷投奔，叩请朱棣称帝。（李景隆是朱元璋重臣李文忠之子。李文忠是朱元璋亲外甥，连李景隆的名字都是朱元璋所起。此人相貌堂堂，“眉目疏秀，顾盼伟然”，其实是个绣花枕头美男子。他先前丢盔卸甲亡掉八十万军队，建文帝对其也没有加以诛杀。危难关头，他不仅不以死报，反而首先开城门投降朱棣，此人品性也真是至差至衰。朱棣即位后，李景隆得授“奉天辅运推诚宣力武臣”，增岁禄千石。朝廷每有大事，他还站在班首主持政议。“诸功臣皆不平。”永乐二年，朱棣的兄弟周王告发李景隆在建文朝时qiáng向自己索贿一事，不久，又有人告发他“蓄养亡命，谋为不轨”。毕竟姑表亲，朱棣不忍加罪，只是削夺他的勋号，以公爵身份归家停职。又过些时日，有大臣弹劾“李景隆在家坐受阁人伏谒如君臣礼，大不道；（李）增枝（景隆子）多立庄田，蓄童仆成千，意叵测。”朱棣这才下旨把李景隆父子连同家眷全部软禁，没收全部家财。老哥们耍赖皮闹绝食，十几天不死，也就又继续苟延残喘下去。寂寞荒凉之下，直到永乐末年才病死。）
建文帝惶急，“逊国而去。”（建文帝逊国是中国历史一大谜团。官方所修正史也讲“宫中火起，帝不知所终。”但朱棣“遣中使出帝后尸于火中，越八日葬之”，自己单方面宣布建文帝已被烧死。但他称帝后，仍然不放心建文帝，怕这位侄子日后东山再起，派人四处寻找。大太监郑和自永乐三年起（公元1405年）数次下西洋，表面上是宣示大明国威，一路挥霍金银无数，实际上最重要的目的只有一个，就是为了探访建文帝下落。当然，七下西洋，诚为我中华征服海洋的壮举，据说美洲也是三宝太监首先发现，比哥伦布还要早。2005年是郑和下西洋600周年，估计朱棣和臣下谁也没想到为了寻访一个小皇帝下落的“壮举”会带出日后那么多大动静来）。
建文帝嫡孙袭统，居正朔之位，竟败于起兵反叛的藩王之手，实是中国历史上一个非常出人意料的结局。总结起来，建文帝失败原因不外如下：
第一，建文柔仁。燕兵将皆勇战骁勇之辈，建文帝竟于大战前下明诏“莫伤害朕之叔父”，不明之至，致使朱棣多次绝处逢生，假使明军在战场上能“擒贼先杀王”，燕军早就冰销败亡。
第二，huáng子澄、齐泰、方孝孺皆书生，苍猝行削藩之计，不知兵事，没有什么大的战略眼光，以致于误已误国，最后招致灭族惨祸。
第三，单用一将统师军队。耿炳文一人统三十万军；李景隆两次败北，一战统五十万，一战统三十万；盛庸一人统二十万。明军“合天下之兵，握一人之手”，而反观朱棣，单旅孤城，利于战不利于守，利于合不利于分。如果当初下令山东、河北诸将各拥众数万，凭城坚守，年深日久，以叛臣贼子起兵的朱棣胜一仗败两仗，又一直逡巡在河北、山西狭窄地带，熬过一阵熬不过两阵，军队人心最终会轰然瓦解。
第四，建文帝彷徨不决，总在关键时刻犯致命错误。如果当时朝廷不招徐辉祖回金陵，而是让他留在原地与徐福合击燕军，很可能挽转整个战场形势，给已经是qiáng弩之末的燕军以致命的最后打击。