为了便于逃跑，他草草结束典礼，然后派人在城外加紧准备，当夜把北京城内宫殿及九门城楼尽数焚毁。
然后，他以效天为名，第二天一大早就匆忙离京，向西奔逃。逃之前，农民军把皇宫内金器和金锭皆熔铸成大饼，骡载数万饼，随军而走。
混乱逃亡途中，崇祯三个儿子均于乱中走散，但李自成始终未加害他们。
部分北京居民见农民军败走，在城内搜出脚慢未走的农民军或伤兵数千，尽数杀死。李自成闻之，大怒，立遣数千铁骑往回奔。
恰巧，一家被杀三十四口的吴三桂率部报仇心切，率军已经杀至城南，农民军士兵不敢撄锋，即刻掉转马头奔逃，北京由此躲过大劫。
自入城到离京，“大顺”政权，仅存在了四十二天。
五月二日，多尔衮率清军抵至北京。士民大喜，以为是吴三桂拥太子而至，纷纷出城摆香案迎接。结果，看见一大群清军，大家惊愕异常，但最终不得不接受残酷的现实。
半明半灭大明朝（22）
至于京内昔日的明官们，看见清兵反而大都松下一口气。何者？如果是吴三桂率明军回来，肯定会清算他们“降贼”的罪名。“大清”来了，就无此忧。所以，日后出谋划策劝多尔衮南下消灭残明的，数这帮人居多。
多尔衮当然吸收李自成的失败教训，四处张榜，表示说无论是谁，只要降顺大清，官复原职不说，还要加官晋爵，新有封赏。这一来前明官员大悦，个个弹冠相庆。
李自成自北京败逃。消息传出后，各地官民知道他大势已去，纷纷起来杀掉、赶走“大顺”在当地任命的官员，靠近北京的就归顺清朝，南方地区则大多打出恢复“大明”的旗号。
此时各地的李自成部队，仍旧有数十万之多。他本人率残兵一路经太原、平阳，返掠西安，把大部队留守于山西、河南一带抵御明清联军。
回到西安后，李自成jīng神萎靡，没见出他有什么宏图大略，半年时间内基本没什么大动作。
清军步步bī近。他们先在山西招降了大同的姜瓖，然后用大pào轰毁太原坚城。先前投降李自成的这个明朝总兵再降清朝，山西差不多皆为清军所有。
河南方面，清军在怀庆被农民军打败，使得本来正要进取南京的主力清军不得不掉头回河南。
由于主力清军杀至河南，农民军很快在灵宝被打败，急忙回撤到潼关。
年底隆冬时分，清军源源不断向潼关外增兵。双方自十二月二十九日激战，打了十几天，互有胜负，在喊杀和血拼中度过了1645年的chūn节。
1645年正月十二日，守潼关的李自成部将马世耀献关投降。转天，他与七千名农民军均被集体屠杀。
困愁于西安的李自成闻讯灰心，西北看来是待不住了，南逃有张献忠政权在四川堵着，只能再去河南、湖广。只要能消灭南明政权，自可拥有半壁河山。
临撤退时，他下令部将田见秀把西安城内所有建筑和仓库烧毁。幸亏这位田将军还算有人性，只点燃了东门楼和南月城楼，为西安百姓留下了御寒的房屋与粮食。李自成撤退途中回望西安城中烟火冲天（两个城楼着火），以为田见秀完成任务，这才满意地放心而去。
李自成逃离西安，原先西北地区的明朝降将纷纷降清。白广恩、马科、郑嘉栋等前明总兵纷纷成为“大清”将领。整个西北，只有榆林的高一功是李自成旧部，坚守不降。
从西安逃离时，李自成手下人马仍有十三万之多。依理，如果他急速行军，抢在清军之前杀往南京，最起码可以把东南一带富庶地区占为己有。但不知为什么，李自成走到河南内却耽误了不少时间，估计是临行前士兵们拖家带口拉金银，严重拖慢了行军速度。
不久，清军阿济格部bī近，农民军在三月中旬往湖北方向逃窜。清军边追边打，共jiāo手八次，每次结果均为“大顺”军告输。
李自成部队打不过清军，却渡过长江，在荆河口大败左良玉部明军，吓得这个一直“养寇自重”的明朝军阀率部移向南京。他借“北来太子案”为由，要找当时已在南京建立的弘光小朝廷算账。大敌当前，他不思同仇敌忾，反而与自己人“窝里反”，左良玉的人品可见一斑。
这样一来，“大顺”回光返照，武昌、襄阳均落入李自成之手。他集军二十万，准备攻取南京。但清军没有给李自成机会，未等农民军喘息，已经追至武昌。李自成只得弃城接着逃。
四月下旬，在江西九江附近的一次大战中，农民军大败，数万人被杀，李自成的两个堂叔以及大将刘宗敏皆被俘后剐杀，“活神仙”宋献策也投降了清军。
湖北、江西等地大败，农民军消耗极大，李自成身边仅剩下万把人。这时候，清军多铎部已经自河南商丘和安徽泗州分头行军直扑南京，东下水路因无船也走不了，李自成只好掉回头往西南方向跑，想穿越江西西北部转战湖南。他已习惯于到处转战，逃跑对他来说不是一件辛苦事儿。
五月初四这天，农民军大队人马行至湖北通山县境。李自成命令手下军人就地扎营造饭。他胡乱吃了几口，就率二十八名亲兵在附近九宫山一带转悠，一来消遣愁绪，二来察看地形。
附近的山民听说有“贼人”到，而且人数不多，只有数十骑，就纠集了数十人来杀。这些农民，后来被某些文人描绘成“地主团练武装”，这完全是瞎掰，他们其实都是老实巴jiāo的农民，多年遭“流贼”之害，一直怒气满胸。最重要的是，他们根本不知道有数千农民军在附近，只以为是一股几十人的小部队，故而有胆上来厮杀。如果他们知道对方其中一人是“大顺皇帝”，如果他们知道附近有数千农民军，吓死他们也不敢出头。
李自成正在欣赏雨后青山绿水的风景，山上的村民突然出现，纷纷抛举大石往下砸。李自成手下人马立刻惊散。仓猝之间，李自成拍马就跑，与同行的二十多人完全失散。
逃到牛背岭，慌不择路，又遇山间小气候的滂沱大雨，李自成坐骑陷于泥中走不动，他只好下马牵坐骑深一脚浅一脚前行。
农民程九伯见李自成一人独行，身边又有匹好马，立刻手持锄头窜了出来。李自成毕竟是身经百战的大将，反应自然灵敏，就徒手与程九伯格斗起来。程九伯当然不是李自成对手，被对方骑在身下。李自成压住程九伯，回手抽刀，但刀鞘中因雨水沾泥，一时间拔不出来。
半明半灭大明朝（23）
此刻，程九伯外甥金二狗赶到，他见舅舅被一个大汉骑在身下要挨宰，情急之下，抡起铁铲冲李自成砍去，嚓的一声，一下子削去“大顺皇帝”半个脑袋。于是，舅甥二人欢欢喜喜，不顾李自成脑浆迸裂的尸体，牵马而去。
后来，李自成余部被活捉，地方官府知道了山间的尸体乃李自成，就多次到山中晓谕，表示杀李自成者可受重赏。
程九伯起初不敢自认，后来听说李自成的样子和被杀地点与自己当天所遇一模一样，才大着胆子出山“认功”。由此，他不仅获赏银千两，还得到清朝总督的“亲切接见”。这时候，程九伯才由山民变为“地主阶级”。