太子激愤，恨外祖父家寡情，切齿道：“我来周家，只为看望我公主妹妹，没别的想法。现为周奎叔侄出卖，无论真假，大概逃不出一个‘死’字，也不用再审，给我一刀就好！”话虽这样说，少年人实际求生愿望很qiáng。
多尔衮弄清楚堂上所立玉面少年真的是崇祯帝太子，立即下令，把做证的太子十名锦衣卫官兵及前明宦官常进节关入牢狱。
刑部主事钱凤览不知多尔衮yīn毒心事，他上疏道：“观周奎疏中所言，他已明说是自己要大义灭亲，以真为伪，为大清除害，请朝廷以仁义为重，认真对待此事。”
多尔衮自有主张。经过安排后，满清又进行审讯，在刑部会集更多官员听审，并派明宗皇晋王和前明大学士谢升来当廷质认。晋王下死口说不是真太子；谢升看了一眼少年人，也摇头称不是。
太子高声对谢升说：“谢先生，您在东宫给我讲课，城陷前还给我讲‘临危授命’一题，不知您还记得吗？”
谢升大惭，一揖而退，仍旧默不作声。
主审汉官钱凤览见状愤恨，怒斥谢升与明宗室晋王不仁不义。此时，他仍未揣摩到满清主子多尔衮的真意。
审毕，各人仍皆送监严加守护。
于是，多尔衮坐便殿，把满朝文武大臣（包括在北京降清的前明朝臣）都唤来，探究大家对此事的意见。前明臣子们多是人jīng，皆唯唯而已。只有钱凤览与另外一个汉臣赵开心力争这个崇祯的太子为真，希望清朝恩养。
多尔衮沉默了一会儿，忽然拍案而起，大怒道：“真假且不必争，朝廷自有处分。但晋王乃前明王子，谢升前朝大臣，钱凤览出言不逊，无上蔑尊至极！伪太子及有关涉案人员，包括钱凤览，赵开心，皆斩首示众！”有人假惺惺求情，多尔衮“开恩”：“钱凤览毕竟本朝臣子，赏他全尸，斩刑改为绞刑，赵开心免死。”
清廷狱具，认定崇祯太子是“伪太子”，而案件的“证人”为崇祯妃子“袁妃”和明朝的宗室晋王。晋王不必讲，此人乃外藩，先前为清军在山西所俘，他本人根本没有见过太子，满爷爷让他说啥他就说啥。另外一个“袁妃”，也是假冒，真袁妃在北京城陷前已被崇祯帝亲自砍死，清政府自己入京时曾布告过“礼葬”故明的帝、后、妃子，其中就有袁妃在内。这件事情，大概多尔衮自己都忘了，或者他就是qiáng权当真理，说什么就是什么，毫不顾及。定案时做证的“袁妃”，其实是当年魏忠贤的“义女”，即送给天启皇帝玩弄的任妃。这个坏娘们居冷宫多年，求媚满清新贵，自告奋勇做假证，不足为怪。所以，不仅崇祯的真太子被杀，引他见周奎的宦官常进节以及十名承认他是太子的前明锦衣卫官兵，皆一同被杀。
大约在北京“太子案”的同时，南京也有“南都太子案”。其实这个“太子”乃前明驸马都尉王昺的侄子王之明，冒充太子名号想得享富贵。南明的弘光帝也很紧张：“太子若真，将何以处朕！”jian臣马士英等人为了保住自己地位，自然严刑拷求。当时，南方地区广大士民痛恨马士英等人，对他们怀有成见，所以大多数人反而认定这个太子是真的，各地将帅，包括史可法、何腾蛟、左良玉等人均上疏力挺这位“假太子”。后来，史可法从前往北京的南明使臣左懋第处知道真太子在北京，非常后悔，曾致书马士英承认过错。左良玉弄权跋扈大将，他反而以拥护“太子”的名义起兵窝里反，发大兵向南京进攻。
所以说，当时南北两个“太子”，北京的是真，南京的是假。如此明白案件，至今仍有不少学者喋喋不休吵个不停。其实，早在上世纪早期，学者孟森已经列出详实历史档案对此有了定论，但由于孟教授以古汉语笔法写出，今人基础不厚，又不钻研，故而仍旧争来争去，实为荒谬至极。
满清对待明朝宗室，表面加以恩礼，其实养起来的却是疏远小宗，明皇近亲直系，屠戮无遗。究其机心，险苛深远。自然，他们对崇祯公主等女性亲属毫不为意。长平公主知道哥哥被杀后，愤然出京，但清廷qiáng迫她出嫁，不久这位公主抑郁而死（金庸把她变成女大侠，完全瞎掰）。
清朝初建的几十年间，打着“朱三太子”旗号起兵的有好几起，最有名的当属康熙时吴三桂起兵后那个以“朱三太子”起兵的“天地会”首领杨起隆。康熙十八年，湖南抓到了一个和尚朱慈灿，这位确是崇祯帝另外一个儿子，他从北京逃出时年仅十二，多年流落，幸免于难。康熙帝把他与杨起隆列为同宗，诬之为假，借口是北京城陷时朱慈灿年少，不可能逃脱，于是以“伪皇子”名义处死。
这还不算，康熙四十七年（1708年），清廷又找到了崇祯帝惟一幸存的儿子朱慈焕。明亡六十年后，康熙帝十分yīn狠地以“伪皇子”名目诛杀了此人。多尔衮时代，杀崇祯真太子，用心尚或可谅，当时南明未下，全国未定，明太子活着是个大隐患。但康熙后期，太平盛世，满清坐稳帝座，康熙出此毒手，真是至yīn至毒之心，无非是对前明皇族斩草除根。
这件事情，案件当事人李方远在自己笔记《张先生传》中记得清清楚楚。康熙二十二年，李方远在一家路姓大户家中首次见到“张先生”，其人“丰标秀整，议论风生”，是个侃侃能言的美男子，自称姓张，号潜斋，在浙中大户张家为西宾（教师）。于是，二人jiāo往密切，诗词往来，半年多内顿成密友。后来，“张先生”南行，二人拜别，二十多年没有通问消息。康熙四十五年，做过县令并已经解任家居的李方远又见到找上门来的“张先生”，要求谋求一教职养家糊口。老友相见，分外亲切，两人立刻欢饮畅叙。此后，“张先生”同时在不远的张岱霖家和李方远家教子弟读书。
康熙四十七年yīn历四月初三，李方远正与“张先生”下棋，清朝地方官府忽然闯进一批捕快，把二人一起抓起审问。李方远本人做过清朝饶阳县县官，确实不知自己犯了何罪。审至“张先生”，此人马上“坦白jiāo待”：“我乃先朝皇子定王朱慈焕。崇祯十七年流贼破北京，先帝（崇祯）把我jiāo给王内官。城破后，王内官把我jiāo与闯贼领赏。不久，吴三桂与清兵杀败流贼，我被贼军中一姓毛的将军带往河南。他弃马买牛，种田过活。不久，由于大清捕查流贼很紧，毛将军弃我而逃。当时我十三岁，自己就往南走。行至凤阳，遇见一王姓老乡绅，知我是先朝皇子，就收留我在家，遂改姓‘王’。过了几年，王先生病故，我就找寺庙出家。后来我云游至浙江，在古刹中遇见一位姓胡的余姚人，他叹赏我的才学，就把我请回家中，让我还俗，并把女儿嫁给我。后来，我又改姓张，以逃祸患。”
清朝主审的钦差和两江总督等多名高官在场，问：“现在江南有两处叛逆造反案，皆称扶立你为君，恢复明朝，你知罪吗？”