李自成部队打不过清军，却渡过长江在荆河口大败左良玉部明军，吓得这个一直“养寇自重”的军阀率部移向南京。他借“北来太子案”为由，要找弘光小朝廷算账。大敌当前，他不思同仇敌忾，反而与自己人“窝里反”，左良玉的人品可见一斑。
这样一来，“大顺”回光返照，武昌、襄阳均落入李自成之手。他集军二十万，准备攻取南京。
清军没有给李自成机会，未等农民军喘息，已经追至武昌。李自成只得弃城接着逃。
四月下旬，在江西九江附近的一次大战中，农民军大败，数万人被杀，李自成的两个堂叔以及大将刘宗敏皆被俘后剐杀，“活神仙”宋献策也投降了清军。
此前，“大顺”的“宰相”牛金星见势不妙，悄悄溜走，跑回儿子牛佺处躲避。由于牛佺降附清军并被任命为huáng州知府，没人追究牛金星过去“助贼”的事情，牛老爷子善终于家。满清朝廷中也有汉官惦记他，先后有两名给事中上疏多尔衮，要求清廷逮捕牛金星这个流贼宰相，把他父子处斩。多尔衮不同意，斥训道：“流贼伪官，真心投诚者多能效力，此奏殊不合理！”如果不是牛金星在李自成“朝中”官阶太高，如果不是怕惹起前明官员反感，说不定满清还会给他大官作。
湖北、江西等地大败，农民军消耗极大，李自成身边仅剩下万把人。这时候，清军多铎部已经自河南商丘和安徽泗州分头行军直扑南京，东下水路因无船也走不了，李自成只好掉回头往西南方向跑，想穿越江西西北部转战湖南。反正流贼当惯了，逃跑对他来说不是一件辛苦事儿。
五月初四这天，农民军大队人马行至湖北通山县境。李自成命令手下军人就地扎营造饭。他胡乱吃了几口，就率二十八名亲兵在附近九宫山一带转悠，一来消遣愁绪，二来察看地形。
附近的山民听说有贼人到，而且人数不多，只有数十骑，就纠集了数十人来杀。这些农民，后来被极左御用文人们描绘成“地主团练武装”，完全是瞎掰，他们其实都是老实巴jiāo的农民，多年遭流贼之害，一直怒气满胸。
最重要的是，他们根本不知道有数千农民军在附近，只以为是一股几十人的流窜贼军，故而有胆上来厮杀。如果他们知道对方其中一人是“大顺皇帝”，如果他们知道附近有数千“贼军”，吓死他们也不敢出头。
结果，李自成正在欣赏雨后青山绿水的风景，山上的村民突然出现，纷纷抛举大石往下砸。李自成坐骑受惊，人马立刻惊散。
仓猝之间，李自成拍马就跑，与手下二十多人完全失散。逃到牛背岭，慌不择路，又遇山间小气候的滂沱大雨，李自成坐骑陷于泥中走不动，他只好下马牵坐骑深一脚浅一脚前行。
农民程九伯见李自成一人，又有匹好马，勇心百倍，嗷的一声蹿出来。李自成毕竟百战大将，反应自然灵敏，就徒手与手持锄头来杀的程九伯格斗起来。
两个人一打，程九伯当然不是李自成对手，被对方骑在身下。李自成压住程九伯，回手抽刀，但刀鞘中因雨水沾泥，一时间拔不出刀来。
此刻，程九伯外甥金二狗赶到，他见舅舅被一个大汉骑在身下要挨宰，情急之下，抡起铁铲冲李自成砍去，忽的一声，一下子削去“大顺皇帝”半个脑袋。
至此，舅甥二人欢欢喜喜，不顾李自成血流烂白脑浆泛滥的尸体，牵马而去。
后来，李自成余部被活捉，地方官府知道了山间的尸体乃李自成，就多次到山中晓谕，表示说杀李自成者受大赏。
程九伯起初不敢自认，后来听说李自成的样子和被杀地点与自己当天所遇一模一样，才大着胆子出山“认功”。由此，他不仅获赏银千两，还得到清朝总督的“亲切接见”。这时候，程九伯才由山民变为“地主阶级”。
一下岗驿卒死于一农民之手，结局充满了隐喻般的黑色幽默。
李自成残部刚刚吃饱饭，跑回的一个卫兵哭诉“万岁爷被乡民杀死”，一时间农民军满营痛哭。然后，他们化悲愤为力量，这数千农民军在附近州县毁庐杀人无数，以泄痛愤。
可叹这一切，杀人“真凶”程九伯根本不知，与外甥一起在山中小屋看着草地上的大马傻笑。
至于日后流传的李自成病死或出家之说，均是野史逸闻。清初以来无数考家考证推断，确系无稽之谈，把简单之事弄复杂而已。
吃人“huáng虎”天煞星——张献忠
一讲“变态”，现在的人都会联想到性方面。其实，从心理学角度分析，嗜杀、自nüè、他nüè等行为，也是“变态”的一种，是人类原始欲望的一种爆发，是人类动物性潜在留存的bào露。
这些变态的人，在他自己的意念中，他不仅认为可以控制自己的生活，而且会认定能控制别人的生活。
中国历史上，bào君nüè将不少，他们的残nüè酷杀，皆有极大的目的性，属于冷静思考下的有计划杀人。但是，诸如明末张献忠这种无目的性的嗜杀狂，中国历史上仅此一人。
张献忠，这位与李自成同岁的大贼头，长身虎颔，面色金huáng，故人称“huáng虎”。此人长就一副堂堂相貌。一日不杀人，这位爷就悒悒不乐。在意识形态影响下，极“左”时代文人们均为农民起义“翻案”，指称说那些记载张献忠大肆屠杀的历史记载均是“地主阶级”的胡言乱语，而他最能抓住把柄的，是《明史》中《张献忠》传中那一句：“（张献忠）将卒以杀人多少叙功次，共杀男女六万万有奇”。确实，明末全国人口也就一万万多，说张献忠在蜀地杀了“六万万”只能说是文人的想当然。
《明史》中的这种荒唐“数字”素材，取自明末清初文人毛奇龄的《后鉴录》。其实，明末四川一地大概有四百万人，张献忠杀了其中近三百万，“摇huáng贼”杀掉和吃掉七八十万，其余皆为满清屠戮。后来，满清把自己所杀的近百万人算在张献忠头上，这是惟一的“诬蔑不实”之辞。
总之，不可否认的是，经张献忠之乱，蜀地基本为之一空。
崇祯十六年底，本来已在湖南和江西取得重大进展的张献忠，忽然弃两省之地，大举入川。原因很简单，李自成势力太大，老张觉得自己搞他不过，索性走远一些，以免两虎争食。
四川方面，有一支曾经参加过“荥阳大会”的“摇huáng十三家”组织，是一种极其邪恶的由地痞流氓组成的匪盗，这些人没有任何政治目的和抱负，只知yín杀抢掠，并对明朝的四川官兵造成极大的消耗。张献忠有这些人在川地内部捣腾，他从容二次入川，越下牢，渡三峡，如入无人之境，克涪州后，直捣重庆。
本来，重庆三面临江，易守难攻。张献忠在城墙根下埋炸药，轰隆一声，坚硬石墙坍塌，贼军一涌而入。
张献忠入城后，先剐杀守城的巡抚陈士奇等人，然后又把明神宗第五子瑞王朱常浩绑至法场。