而另外一路先锋加藤清正，先bī至昌宁。郭再佑知道寡不敌众，遂闭门死守。郭再佑还给部下壮胆，说这里形势险峻，日本人也懂兵法，不会轻易进攻的。过了一夜平安无事，第二天郭再佑派人去打探，发现日本人都撤了；再继续打探，才发现日军非但没撤，反而掉头朝着咸阳、长水而去，很快攻克了位于咸阳北侧的枢纽要道huáng石城。
无论是从陕川走安义、居昌，还是从晋州走咸阳，最终都要通过huáng石城，才能踏上前往全罗首府全州的大道。所以从一开始，右路军所瞄准的目标就只有huáng石城。他们先虚晃两枪，让朝鲜军对日军战略意图造成误判，guī缩到星州和昌宁两处，然后两路主力这才赶到huáng石城会师，从天川、镇安一线杀气腾腾地奔全州而去。
攻取huáng石城还有一个重要意义，即从侧翼威胁全州，使全州的陈愚衷所部明军不敢赴援南原。这也是日军根据沈惟敬透露的情报而制定的计划——可见沈惟敬在临被捕前的拼死一搏给明军造成了多大的被动。
就在右路军成功甩开朝鲜主力的同时，左路日军与联军在南原爆发了激烈的战斗。
南原位于全罗南道中部，地理位置极其重要。只要控制了南原，北可上全州，南可扼顺天，西可占光州，进退自如，相当于全罗道的十字路口。日军如果想占领整个全罗道，南原必须要捏在手里。
早在五月份的时候，杨元便派了部下李新芳率领两千辽东军进驻了南原。到了六月十三日邢玠的战略布局成熟以后，杨元亲自带了一千人前往，使总兵力达到了三千人。
八月初七，作为左路军先锋的岛津义弘军抵达了求礼，踏入南原境内。杨元一方面命令朝鲜兵使李福男、助防将金敬老等人集结附近驻留朝军，一方面派遣斥候去元川附近刺探敌情。
次日斥候回报，敌势极其浩大，而且更糟糕的是，居昌、三嘉附近也相继传来右路军大举进袭的情报，这让杨元异常紧张。他手里只有三千辽东军马加上一百多家丁，算上朝鲜军也不过六千左右，再算上全州两千明军，也不过八千人。而这次大举进攻的日军，少说也有五万多人。
面对这种压力，杨元没得选择，只能死守。他以辽东军为主力，在城头四面布置了八百人，墙下一千两百人，还有一千人的预备队。朝鲜军也是按照这个比例分配，杨元还让麾下的亲信家丁混编入朝军队伍中，希望能够藉此提升他们的战斗力。
他早在六月驻留南原的时候，就派人增筑了城墙，还在羊马墙增设了不少she击孔，城门安了三门大pào，四周挖深壕沟，摆出坚守的架势。明军之前在这里有过驻军，做过修缮，虽荒弃日久，但总比没有qiáng。
但杨元知道，这些只能延缓沦陷，无法退敌。唯一的指望，就是大将军麻贵能够及时识破日军的主攻方向，尽快来援。当初麻贵在规划战略的时候，有过明确指示：“脱有缓急。南原告全州，全州告公州，公州告京城，次第驰援。”按照这个规定，杨元已经派遣了急使前往全州通知陈愚衷。
他万万没想到，陈愚衷不知哪根弦搭错了，压根没继续上报。
从八月九日到八月十三日，这大概是杨元最难熬的五天。在这五天里，每天斥候都马不停蹄地传来坏消息：“敌人已至屯山岭！”（九日）、“敌人已过宿星岭！”（十一日）“敌人前锋已抵达蓼川边！”（十二日）。
蓼川边就在南原城东南四十里，日军出现在这里，说明战斗已经一触即发。从南原的城头，杨元可以看到远处村落滚滚黑烟，那是日军一路烧杀抢掠的标记。南原城里已经挤满了军民，都是这几天从附近逃难进来的。这个时候的杨元，应该在心中掠过一丝念头：“gān脆撤退吧。”
六千人对五万人，根本不成比例，很难守得住。可是南原和晋州不一样，晋州丢不丢无关大局，南原一丢，整个全罗道就没了。这个责任太大，杨元不敢承担。
唯一能让他稍微放心一点的，是朝鲜兵使李福男的到来。
李福男是一路从求礼溃退而来的，到了南原时身边只有五十多人。当时南原附近已经有许多日军小部队聚集，李福男毫无畏惧，大摇大摆地从敌人之间穿过去。日本人被这种大胆举动惊呆了，居然没前去阻拦，就这么让他进了南原城。
杨元对此十分佩服，拍着李福男肩膀说：“拥兵自保者，滔滔皆是。而公独以孤军赴之，南朝一李侍郎矣。”
八月十三日，日军主力抵达了蓼川边。仿佛为了炫耀兵威似的，他们摆列出了无比煊赫的阵势，拉开了两道阵线。第一道阵线由小西行长的第二军团组成，从防川由禅院一直穿过长城桥，围到南原西门；第二道阵线由岛津义弘、来岛通总、加藤嘉明的水师组成，从漆场截断河流，沿越川、栗场到大毋泉，与西门阵线连接到一处。日军把本阵设在了乡校山和麒麟山上，在城外四处建营，竖起大旗，号角连营，光是支起来的阵幕就连绵不断，层层叠叠。时人形容是“相续结阵，连延互回，月晕百匝” 声势极其浩大。
这是刻意地炫耀武力，吃准了守军不敢出城。
杨元确实不敢出城，他正忙着分配了守城任务。他自己和李新芳守东门，千总蒋表守南门，毛承先守西门，朝鲜军战斗力偏弱，让他们守北门。杨元还接连下了数道命令，整肃军纪，明确号令，绝不让部队未战先乱。
到了十三日中午，五个日本人大摇大摆走到东门，站到东门石桥上仰起脖子，打算喊杨元来谈话。这些人是来劝降的，觉得两国jiāo兵，怎么也不会斩来使吧？可他们万万没料到，杨元是存了拿他们祭旗的消息。
趁着这些人喊话的当儿，杨元带着几名朝鲜弓手偷偷摸出城去，冲着石桥一顿连she，当即she死三个人，另外两个人连滚带爬地逃了回去。
这一下子可把日军激怒了。很快大批日本兵呐喊而来，到了距离城墙百步远的地方，一边放枪一边大骂。忽然城头飞了几十个圆滚滚的黑影，落到地上还在嘶嘶作响。
“是震天雷！”
有日本老兵一声惨叫，随即这些铁疙瘩轰轰地都炸开了花，让日本人死亡惨重。
原来这是一种朝鲜自主开发的新式火器，与大明的霹雳弹类似，是用铁制容器承载火药与尖锐硬片，外接引线，通过大碗口铳发she，威力很大。早在壬辰之战的时候，朝鲜义军就用这东西吓唬过日本人。和谈期间，这种火器得到了大力发展，生产了数千枚，南原也分配到了不少。此时不用，更待何时。
日本人仓皇地撤退了，守军都松了一口气。杨元却怎么也放松不了心情，他久经战阵，知道日本人一定不会善罢甘休，晚上搞不好要夜袭。他下令在濠沟外多埋菱铁，又在桥头偷偷装好钉板，亲自守夜静待。
果然不出他的所料，到了二更天，三个日本兵偷偷摸摸地从石桥摸过来，一踏中钉板，立刻被埋伏好的明军几刀砍死。杨元知道大军肯定藏在后头，下令把四面吊桥都拉起来。桥刚拉起来，四面日军点着火把就冲了过来，一看桥断了，只得彻夜鼓噪，在南原附近到处放火，搞得百里内都能看得到烟火涨天。